SARS冠状病毒的基因组变异与进化研究

论文摘要

2003年3月,一种新的冠状病毒（CoV）—SARS冠状病毒被确认为引起SARS（severeacute respiratory syndrome）的病原。在本研究中,我们获取了10株直接来源SARS病人粪便或咽拭子样本及其细胞传代培养物的SARS-CoV全基因组序列,并会同公共数据库中的115株SARS-CoV基因组序列进行了系统地比较分析。以GZ02序列为参照,发现266个在2个以上基因组中同时存在的单核苷酸多态（SNP）位点。这些多态位点在SARS-CoV基因组中呈偏态分布。同时发现了18种主要的缺失类型和2种主要的插入类型,定义了2种与发病时期及致死率相关的基因型。S蛋白在发病早期受到最大的正向选择压力,然后逐步稳定下来。我们应用邻位连接法（neighbor-joining）构建了125株SARS-CoV的亲缘树。通过来源于同一病人的直接取样样本及其细胞传代培养物的SARS-CoV基因组序列对比分析发现,在细胞培养过程中SARS-CoV基因组序列几乎不会产生突变,但取样时间策略将会影响这一过程。推测这种现象有可能是由于细胞传代培养过程会选择出某种优势株病毒造成的。

论文目录

• 致谢
• 摘要
• ABSTRACT
• 1 文献综述
• 1.1 前言
• 1.1.1 SARS-CoV的分离和鉴定
• 1.1.2 SARS-CoV的来源
• 1.2 SARS-CoV基因组初步分析
• 1.2.1 R蛋白
• 1.2.2 膜蛋白
• 1.2.3 N蛋白
• 1.3 SARS-CoV的变异特点
• 1.4 针对SARS-CoV的药物治疗
• 1.4.1 小分子药物
• 1.4.2 多肽和蛋白药物
• 1.4.3 基因工程抗体药物
• 1.4.4 反义核苷酸药物
• 1.4.5 siRNA药物
• 2 材料与方法
• 2.1 材料
• 2.1.1 病例与样本
• 2.2 方法
• 2.2.1 PCR引物设计
• 2.2.2 PCR产物克隆
• 2.2.3 DNA测序
• 2.2.4 基因组序列拼接
• 2.2.5 序列注释及比较分析
• 2.2.6 进化及变异分析
• 2.2.7 SARS-CoV比较基因组分析数据来源
• 3 结果
• 3.1 单核苷酸多态性在SARS-CoV基因组中的偏态分布及特点
• 3.2 大片段插入与缺失
• 3.3 基因型分析
• 3.4 系统发育分析
• 3.5 体外细胞培养对SARS病毒的选择作用
• 4 讨论
• 参考文献：