论文摘要
本研究对从多种动物分离到的16株H9N2亚型禽流感病毒进行HA、NA、M、NS、NP、PB2、PB1和PA基因的克隆和测序(WB/GX/63/05仅测定HA、NA、M、及NS 4个基因)。结果表明,16株广西毒株HA基因的核苷酸及推导的氨基酸同源性分别为91.4～99.9%和93.6～100%;NA基因的核苷酸及推导的氨基酸同源性分别为90.8～100%和89.9～100%;M基因的核苷酸同源性为92.8～100%,推导的M1及M2蛋白的氨基酸同源性分别为93.3～100%和80.8～99.0%;NS基因的核苷酸同源性为94.0～100%,推导的NS1及NS2蛋白的氨基酸同源性分别为90.5～100%和91.8～99.2%;15株广西毒株NP基因的核苷酸及推导的氨基酸同源性分别为91.6～99.9%和96.4～99.6%;PB2基因的核苷酸及推导的氨基酸同源性分别为85.4～99.9%和94.1～99.9%;PB1基因的核苷酸及推导的氨基酸同源性分别89.0～99.7%和94.1～99.7%;PA基因的核苷酸及推导的氨基酸同源性为88.9～99.8%和94.8～99.5%。对与禽流感病毒致病性及宿主选择性相关氨基酸位点的分析显示广西H9N2亚型毒株在HA裂解位点处存在3种氨基酸排列顺序,分别为PARASR*G、PARSSR*G和PSRSSR*G,均含有两个碱性氨基酸,符合低致病性禽流感病毒的分子生物学特征。5株广西分离株CK/GX/37/05、DK/GX/51/05、CK/GX/55/05、WB/GX/63/05和WB/GX/Hl/06在HAl蛋白第226位氨基酸位点处由谷氨酰胺(Gln)变为亮氨酸(Leu),具备人类流感病毒的受体特征。HA基因系统进化树分析显示,广西毒株均属于欧亚谱系。除HA、NA和NS基因均属于以CK/BJ/94为代表的BeiJing亚系外,其余基因均具有不同的基因来源。依据进化树所做的基因型分析显示广西毒株经历了广泛的重组而产生了多种基因型。广西毒株分属A、B、C、D、E、F、G和H8个不同的基因型。A、C、D、G及H基因型仅含有1株广西分离株,B和F基因型均含有2株广西分离株。E基因型包含了8株广西毒株,是当前我区流行的主型。基因型的划分具有一定的时间性特征,但不具备明显的宿主及地域性特征。
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摘要ABSTRACT缩略词表目录第一章 研究综述1.1 禽流感的危害1.2 流行病学1.3 分子生物学研究1.3.1 病毒粒子特征1.3.2 病毒的基因组结构1.3.3 病毒的结构蛋白及其功能1.3.4 病毒的遗传变异1.4 禽流感的诊断技术1.4.1 传统AIV检测方法1.4.2 分子生物学诊断1.5 禽流感的防制1.6 本研究的目的和意义第二章 材料和方法2.1 材料2.1.1 病毒2.1.2 血凝素亚型鉴定抗原及血清2.1.3 神经氨酸酶亚型鉴定抗原及血清2.1.4 SPF鸡胚2.1.5 主要试剂及实验仪器2.1.6 引物设计与合成2.2 方法2.2.1 技术路线2.2.2 H9亚型禽流感病毒的RT-PCR检测2.2.3 病毒的增殖和纯化2.2.4 禽流感病毒HA和NA亚型的血清学鉴定2.2.5 禽流感病毒的分子遗传与演化分析第三章 结果3.1 H9亚型禽流感病毒PCR检测结果3.2 H9N2亚型禽流感病毒分离结果3.3 血凝素亚型的鉴定结果3.4 神经氨酸酶亚型鉴定结果3.5 完整基因RT-PCR扩增结果3.5.1 HA基因扩增结果3.5.2 NA基因的RT-PCR扩增3.5.3 M基因的RT-PCR扩增3.5.4 NS基因的RT-PCR扩增3.5.5 NP基因的RT-PCR扩增3.5.6 PB2基因的RT-PCR扩增3.5.7 PB1基因的RT-PCR扩增3.5.8 PA基因的RT-PCR扩增3.6 禽流感病毒全长基因组序列测定结果3.7 禽流感病毒分子遗传演化分析3.7.1 HA基因的遗传演化分析3.7.2 NA基因的遗传演化分析3.7.3 M基因的遗传演化分析3.7.4 NS基因的遗传演化分析3.7.5 NP基因的遗传演化分析3.7.6 PB2基因的遗传演化分析3.7.7 PB1基因的遗传演化分析3.7.8 PA基因的遗传演化分析第四章 讨论4.1 H9N2亚型禽流感的流行情况4.2 H9N2亚型禽流感病毒的分离鉴定4.3 HA基因序列分析4.4 NA基因序列分析4.5 M基因序列分析4.6 NS基因序列分析4.7 NP基因序列分析4.8 PB2基因序列分析4.9 PB1基因序列分析4.10 PA基因序列分析4.11 广西毒株基因型的划分第五章 结论参考文献致谢攻读学位期间发表论文情况
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