本文主要研究内容
作者邹双霞,金澄艳,鲍建军,王悦,陈炜昊,吴天弋,王利宏,吕晓阳,高雯,王步忠,朱国强,戴国俊,师东方,孙伟（2019）在《感染大肠杆菌F17湖羊羔羊脾脏中差异circRNA分析》一文中研究指出：【背景】羊大肠杆菌病是一种以剧烈腹泻和败血症为特征的急性传染病,是规模化羊场最为常见高发的细菌性疾病之一,尤其是初生羔羊易被产肠毒素大肠杆菌(ETEC)感染,引起羔羊腹泻,又叫羔羊白痢,使养殖场遭受严重的经济损失。而传统的抗生素治疗方案存在诸多缺陷。【目的】本研究通过让湖羊羔羊口服大肠杆菌F17菌株获得不腹泻和腹泻的羔羊个体,筛选出服用大肠杆菌F17菌毛后不腹泻与腹泻型个体中差异表达的circRNA,进而探究circRNA在绵羊抗腹泻中的作用,从而发现与抗大肠杆菌病性状相关的候选基因。从circRNA层面上,加深对绵羊拮抗大肠杆菌F17菌株的认识,确定绵羊拮抗大肠杆菌F17菌株的功能基因。【方法】用CIRI软件从头预测circRNA,利用RNA-seq技术,首次筛选出感染大肠杆菌F17菌株后不腹泻与腹泻型羔羊个体脾脏中差异表达的(DE)circRNA,对差异表达转录本进行GO富集分析,结合GO注释结果对其功能进行描述。统计每个GO条目中所包括的差异转录本个数,并用Fisher’s exact test计算每个GO条目中差异转录本富集的显著性。然后随机选择6个DE circRNA,利用q-PCR分别验证这6个DE circRNA在不腹泻和腹泻组羔羊脾脏内的相对表达水平,进而利用Miranda软件来预测与miRNA结合的circRNA以及miRNA的靶基因,根据miRNA靶基因的功能注释来阐明此部分circRNA的功能,分析circRNA-miRNA-mRNA相互作用,最后用q-PCR验证circRNA在不腹泻组和腹泻组羔羊体内的相对表达水平。【结果】绘制参考序列后,鉴定出已知的7 730个circRNA,DE circRNA与GO数据库进行比对,发现一共有60条circRNA被注释和分类到297个功能亚类中。利用RNA-seq在不腹泻和腹泻羔羊脾脏中筛选出60个差异表达的(DE) circRNA,其中31个上调和29个下调,用q-PCR验证随机选择的6个DE circRNA在不腹泻组和腹泻组羔羊体内的相对表达水平,发现与RNA-seq结果一致。利用Miranda分析circRNA-miRNA-mRNA相互作用,发现6个circRNA、5个miRNA和8个mRNA之间存在一定的靶标关系,用q-PCR验证mRNA在不腹泻组和腹泻组羔羊体内的相对表达水平,发现与RNA-seq结果一致。【结论】探究了对于不腹泻和腹泻羔羊脾脏中circRNA的表达谱,进一步了解其在绵羊抗病发生过程中的调控作用。发现了不腹泻和腹泻羔羊脾脏中差异表达的circRNA,有助于找出羔羊如何抵抗腹泻的发生机制,为羔羊抵抗腹泻提供科学的依据。
Abstract
【bei jing 】yang da chang gan jun bing shi yi chong yi ju lie fu xie he bai xie zheng wei te zheng de ji xing chuan ran bing ,shi gui mo hua yang chang zui wei chang jian gao fa de xi jun xing ji bing zhi yi ,you ji shi chu sheng gao yang yi bei chan chang du su da chang gan jun (ETEC)gan ran ,yin qi gao yang fu xie ,you jiao gao yang bai li ,shi yang shi chang zao shou yan chong de jing ji sun shi 。er chuan tong de kang sheng su zhi liao fang an cun zai zhu duo que xian 。【mu de 】ben yan jiu tong guo rang hu yang gao yang kou fu da chang gan jun F17jun zhu huo de bu fu xie he fu xie de gao yang ge ti ,shai shua chu fu yong da chang gan jun F17jun mao hou bu fu xie yu fu xie xing ge ti zhong cha yi biao da de circRNA,jin er tan jiu circRNAzai mian yang kang fu xie zhong de zuo yong ,cong er fa xian yu kang da chang gan jun bing xing zhuang xiang guan de hou shua ji yin 。cong circRNAceng mian shang ,jia shen dui mian yang jie kang da chang gan jun F17jun zhu de ren shi ,que ding mian yang jie kang da chang gan jun F17jun zhu de gong neng ji yin 。【fang fa 】yong CIRIruan jian cong tou yu ce circRNA,li yong RNA-seqji shu ,shou ci shai shua chu gan ran da chang gan jun F17jun zhu hou bu fu xie yu fu xie xing gao yang ge ti pi zang zhong cha yi biao da de (DE)circRNA,dui cha yi biao da zhuai lu ben jin hang GOfu ji fen xi ,jie ge GOzhu shi jie guo dui ji gong neng jin hang miao shu 。tong ji mei ge GOtiao mu zhong suo bao gua de cha yi zhuai lu ben ge shu ,bing yong Fisher’s exact testji suan mei ge GOtiao mu zhong cha yi zhuai lu ben fu ji de xian zhe xing 。ran hou sui ji shua ze 6ge DE circRNA,li yong q-PCRfen bie yan zheng zhe 6ge DE circRNAzai bu fu xie he fu xie zu gao yang pi zang nei de xiang dui biao da shui ping ,jin er li yong Mirandaruan jian lai yu ce yu miRNAjie ge de circRNAyi ji miRNAde ba ji yin ,gen ju miRNAba ji yin de gong neng zhu shi lai chan ming ci bu fen circRNAde gong neng ,fen xi circRNA-miRNA-mRNAxiang hu zuo yong ,zui hou yong q-PCRyan zheng circRNAzai bu fu xie zu he fu xie zu gao yang ti nei de xiang dui biao da shui ping 。【jie guo 】hui zhi can kao xu lie hou ,jian ding chu yi zhi de 7 730ge circRNA,DE circRNAyu GOshu ju ku jin hang bi dui ,fa xian yi gong you 60tiao circRNAbei zhu shi he fen lei dao 297ge gong neng ya lei zhong 。li yong RNA-seqzai bu fu xie he fu xie gao yang pi zang zhong shai shua chu 60ge cha yi biao da de (DE) circRNA,ji zhong 31ge shang diao he 29ge xia diao ,yong q-PCRyan zheng sui ji shua ze de 6ge DE circRNAzai bu fu xie zu he fu xie zu gao yang ti nei de xiang dui biao da shui ping ,fa xian yu RNA-seqjie guo yi zhi 。li yong Mirandafen xi circRNA-miRNA-mRNAxiang hu zuo yong ,fa xian 6ge circRNA、5ge miRNAhe 8ge mRNAzhi jian cun zai yi ding de ba biao guan ji ,yong q-PCRyan zheng mRNAzai bu fu xie zu he fu xie zu gao yang ti nei de xiang dui biao da shui ping ,fa xian yu RNA-seqjie guo yi zhi 。【jie lun 】tan jiu le dui yu bu fu xie he fu xie gao yang pi zang zhong circRNAde biao da pu ,jin yi bu le jie ji zai mian yang kang bing fa sheng guo cheng zhong de diao kong zuo yong 。fa xian le bu fu xie he fu xie gao yang pi zang zhong cha yi biao da de circRNA,you zhu yu zhao chu gao yang ru he di kang fu xie de fa sheng ji zhi ,wei gao yang di kang fu xie di gong ke xue de yi ju 。
论文参考文献
论文详细介绍
论文作者分别是来自中国农业科学的邹双霞,金澄艳,鲍建军,王悦,陈炜昊,吴天弋,王利宏,吕晓阳,高雯,王步忠,朱国强,戴国俊,师东方,孙伟，发表于刊物中国农业科学2019年06期论文，是一篇关于大肠杆菌论文,湖羊论文,互作论文,中国农业科学2019年06期论文的文章。本文可供学术参考使用，各位学者可以免费参考阅读下载，文章观点不代表本站观点，资料来自中国农业科学2019年06期论文网站，若本站收录的文献无意侵犯了您的著作版权，请联系我们删除。
标签：大肠杆菌论文; 湖羊论文; 互作论文; 中国农业科学2019年06期论文;