西农萨能奶山羊和关中奶山羊AGPAT6基因多态性与体尺和产乳性状的关联分析

论文摘要

本研究以549头西农萨能奶山羊和关中奶山羊为试验材料,利用PCR-SSCP、PCR-RFLP、CRS-PCR-RFLP、DNA测序与生物信息学等技术,研究了奶山羊AGPAT6基因全部12个外显子及部分5’UTR区和3’UTR区的多态性,并分析了该多态性与奶山羊体尺性状（体高、体长、胸围）、产奶量和奶成分（乳蛋白、乳脂肪、乳糖、总乳固体、非脂固形物、乳密度）的关系,以期获取与经济性状关联的分子遗传标记,为奶山羊遗传资源的保护、开发与利用提供科学依据。本研究获得以下重要结果:1、在奶山羊AGPAT6基因10个位点（P1～P10）中,发现在P1、P2、P4与P10位点有4个SNPs,在其余6个位点中没有多态性。本研究中,检测了奶山羊AGPAT6基因10个位点（P1～P10）的多态性,其中在P1 （5’UTR）、P2（intron 2）、P4（exon 4）、P10（3’UTR）位点中共发现4个多态位点,分别是NC007328.3:g.152G>C,8124G>A,9263C>G,16436G>A,在奶山羊P3、P5、P6、P7、P8、P9中没有发现多态性。①在AGPAT6基因P1位点检测到GG、GC和CC三种基因型,其中西农萨能和关中奶山羊G/C等位基因的频率分别为0.936/0.064,0.955/0.045;西农萨能和关中奶山羊在P1位点均为低度多态（PIC<0.25）,并处于Hardy-Weinberg不平衡状态。②在P2位点检测到GG、GA、AA三种基因型,其中西农萨能和关中奶山羊G/A等位基因频率分别为0.694/0.306,0.819/0.181;西农萨能和关中奶山羊在P2位点均为中度多态（0.25<PIC<0.5）,关中奶山羊处于Hardy-Weinberg平衡状态而萨能奶山羊处于Hardy-Weinberg不平衡状态。③在P4位点检测到CC、CG和GG三种基因型,在9263位发生了C>G突变产生一个ACG>ACC的突变,引起苏氨酸的一个同义突变,其中等位基因C/G的频率在西农萨能和关中奶山羊品种中分别为0.793/0.207和0.746/0.254;西农萨能和关中奶山羊在P4位点均为中度多态（0.25<PIC<0.5）,两个品种在该位点都处于Hardy-Weinberg不平衡状态。④在P10位点检测到GG、GA和AA三种基因型,在西农萨能和关中奶山羊品种中,其G/A等位基因频率为0.729/0.271和0.623/0.377,西农萨能和关中奶山羊在P10位点均为中度多态（0.25<PIC<0.5）,关中奶山羊处于Hardy-Weinberg平衡状态而萨能奶山羊处于Hardy-Weinberg不平衡状态。。2、奶山羊AGPAT6基因P4基因座不同基因型与奶山羊产奶性状显著相关。利用SPSS（16.0）软件,运用最小二乘拟合线性模型分析这4个SNPs位点与奶山羊经济性状的相关性,发现在西农萨能奶山羊品种中,GG基因型个体的产奶量显著优于CC基因型个体（P<0.05）,分析两个品种奶山羊奶成分,发现GG基因型个体乳脂率显著高于CC基因型个体（P<0.05）,GG基因型个体乳中蛋白含量极显著高于CC基因型个体（P<0.01）。结果说明,P4基因座不同基因型与奶山羊的产奶量、奶成分中的乳脂率和蛋白含量显著相关。因此,可以初步将AGPAT6基因作为一个奶山羊选育的候选基因。

论文目录

• 摘要
• ABSTRACT
• 第一章 文献综述
• 前言
• 1.1 中国现有山羊品种分类和两个奶山羊品种介绍
• 1.1.1 山羊的系统分类学地位
• 1.1.2 山羊品种分类
• 1.1.3 西农萨能奶山羊
• 1.1.4 关中奶山羊
• 1.2 山羊的生物学特性及两个品种山羊的地理分布
• 1.2.1 山羊的生物学特性
• 1.2.2 两个奶山羊品种的地理分布
• 1.3 山羊奶的营养特性
• 1.4 国内外研究现状
• 1.4.1 AGPAT6 基因的定位
• 1.4.2 AGPAT6 基因结构
• 1.4.3 AGPAT6 基因的研究进展
• 1.5 分子标记研究概况
• 1.5.1 随机扩增多态性DNA 标记
• 1.5.2 限制性酶切片段长度多态性标记
• 1.5.3 聚合酶链式反应单链构象多态性标记
• 1.5.4 微卫星DNA 标记
• 第二章 材料与方法
• 2.1 试验材料
• 2.1.1 动物样本的来源
• 2.1.2 生长性状资料
• 2.1.3 试验试剂
• 2.1.4 仪器设备
• 2.1.5 试剂和溶液的配制
• 2.2 试验方法
• 2.2.1 血样的采集方法
• 2.2.2 基因组DNA 的提取
• 2.2.3 PCR 反应所用引物的设计
• 2.2.4 DNA 质量的检测、纯化及浓度计算
• 2.2.5 混合DNA 池的制备
• 2.2.6 引物的稀释
• 2.2.7 筛选PCR 最佳反应条件
• 2.2.8 扩增产物的PCR-RFLP 分析
• 2.2.9 扩增产物的PCR-SSCP 分析
• 2.2.10 测序分析
• 2.2.11 图像分析
• 2.2.12 资料的统计与分析
• 第三章 AGPAT6 基因遗传变异检测
• 3.1 奶山羊基因组DNA 样品的检测
• 3.2 AGPAT6 基因各位点PCR 扩增产物检测
• 3.3 AGPAT6 基因DNA 混合池扩增后的测序结果
• 3.4 AGPAT6 PCR-SSCP 检测结果
• 3.5 AGPAT6 基因CRS-PCR-RFLP 分析
• 3.6 AGPAT6 基因PCR-RFLP 分析
• C 突变的KpnΙ酶切分析'>3.6.1 AGPAT6 基因g.152G>C 突变的KpnΙ酶切分析
• A 突变的EcoRΙΙ酶切分析'>3.6.2 AGPAT6 基因g.8124G>A 突变的EcoRΙΙ酶切分析
• G 突变的NcoΙ酶切分析'>3.6.3 AGPAT6 基因g.9263C>G 突变的NcoΙ酶切分析
• A突变的BglΙ酶切分析'>3.6.4 AGPAT6基因g.16436G>A突变的BglΙ酶切分析
• 第四章 AGPAT6 基因多态性的群体遗传学分析
• 4.1 AGPAT6 基因群体遗传结构分析
• 4.2 P1 基因座群体遗传结构分析
• 4.3 P2 基因座群体遗传结构分析
• 4.4 P4 基因座群体遗传结构分析
• 4.5 P10 基因座群体遗传结构分析
• 第五章 AGPAT6 基因多态性与奶山羊体尺和产奶性状的关联分析
• 5.1 AGPAT6 与奶山羊体尺基因多态性的关联分析
• 5.1.1 AGPAT6 基因P1 基因座与奶山羊体尺的关联分析
• 5.1.2 AGPAT6 基因P2 基因座与奶山羊体尺的关联分析
• 5.1.3 AGPAT6 基因P4 基因座与奶山羊体尺的关联分析
• 5.1.4 AGPAT6 基因P10 基因座与奶山羊体尺的关联分析
• 5.2 AGPAT6 基因多态性与萨能奶山羊产奶性状的关联分析
• 5.2.1 AGPAT6 基因P1 基因座与奶山羊产奶性状的关联分析
• 5.2.2 AGPAT6 基因P2 基因座与奶山羊产奶性状的关联分析
• 5.2.3 AGPAT6 基因P4 基因座与奶山羊产奶性状的关联分析
• 5.2.4 AGPAT6 基因P10 基因座与萨能奶山羊产奶性状的关联分析
• 第六章 讨论与结论
• 6.1 讨论
• 6.2 结论
• 参考文献
• 附录
• 附录一 实验所用试剂以及仪器
• 附录二 基因组 DNA 的提取
• 附录三 DNA 的琼脂糖检测和 DNA 纯化操作步骤
• 附录四 PCR-SSCP 详细操作步骤
• 附录五 统计分析所使用的公式
• 致谢
• 个人简介