草鱼CNBP、eIF-5A的克隆、组织表达及进化分析

论文摘要

从草鱼（Ctenopharyngodon idella）肝肾cDNA文库中克隆到草鱼细胞核酸结合蛋白和真核翻译起始因5A。草鱼细胞核酸结合蛋白（Cellular nucleic acid-binding protein,CNBP）全长cDNA为1948bp。其中5′端非翻译区33 bp,3′非翻译区1423 bp。开放阅读框为492 bp,编码163个氨基酸。草鱼CNBP含有7个保守CCHC型锌指结构、核定位信号区和RGG框,与其他鱼类的同源性很高。与人及其他脊椎动物的相比,草鱼CNBP在25处氨基酸位点发生替换,其中在第3个锌指中的第5个氨基酸残基由Gly变成在鱼类中保守存在的His,另外在第1锌指和第2锌指结构间,缺失6～14个氨基酸残基。但这种结构的差异还不足以产生新的功能,因为适应性进化分析显示细胞核酸结合蛋白没有经历正达尔文选择（ω≤1）。RT-PCR的实验结果表明,在正常草鱼肝、肠、肾、脾、心、肌肉、鳃和脑8种组织中,CNBP在草鱼心脏中表达比较显著,其次是脑、鳃、肌肉,在肾中也有微弱表达。草鱼真核翻译起始因子5A（eukaryotic translation initiation factor 5A,eIF-5A）全长cDNA为2249bp,其中包含5’非编码区41bp,3’非编码区1743bp,其编码的eIF-5A由155个氨基酸残基组成,分子量为16.856ku,等电点pI为5.18。草鱼eIF-5A蛋白的N端含有eIF-5A家族共有的羧腐胺赖氨酸,在蛋白C端包含一段富含亮氨酸的结构域。草鱼eIF-5A与人及其他动物的eIF-5A具有较高的同源性,只有少数氨基酸残基发生替换。适应性进化分析也表明eIF-5A不但具有结构的保守性还具有功能的保守性。eIF-5A在草鱼心、脑、肌肉、鳃、脾、肝脏、肠、肾等组织中恒量表达,并且其表达不因Poly I∶C的诱导而发生变化。

论文目录

• 摘要
• Abstract
• 第1章 综述
• 1.1 锌指结构
• 1.2 冷休克结构域
• 1.3 RNA结合域
• 1.4 亮氨酸拉链结构域
• 1.5 螺旋-环-螺旋
• 1.6 RGG框和KH结构域
• 1.7 本研究的目的及意义
• 第2章 草鱼CNBP和eIF-5A的克隆、分子特征及组织表达
• 2.1 材料与方法
• 2.1.1 材料
• 2.1.1.1 主要仪器设备
• 2.1.1.2 主要试剂、试剂盒
• 2.1.1.3 实验材料
• 2.1.2 方法
• 2.1.2.1 草鱼CNBP、eIF-5A基因的克隆
• 2.1.2.2 草鱼CNBP、eIF-5A的分子特征
• 2.1.2.3 CNBP、eIF-5A的同源性分析
• 2.1.2.4 RT-PCR分析草鱼CNBP和eIF-5A基因的组织表达特性
• 2.2 结果
• 2.2.1 草鱼CNBP的克隆、分子特征及组织表达分析
• 2.2.1.1 草鱼CNBP的克隆
• 2.2.1.2 草鱼CNBP的分子特征
• 2.2.1.3 CNBP同源性分析
• 2.2.1.4 草鱼CNBP的组织表达特性
• 2.2.2 草鱼eIF-5A的克隆、分子特征及组织表达分析
• 2.2.2.1 草鱼eIF-5A的克隆
• 2.2.2.2 草鱼eIF-5A的分子特征
• 2.2.2.3 eIF-5A同源性分析
• 2.2.2.4 草鱼eIF-5A组织表达特性
• 2.3 讨论
• 2.3.1 草鱼CNBP的分子特征及组织表达特性
• 2.3.2 草鱼eIF-5A的分子特征及组织表达特性
• 第3章 CNBP与eIF-5A的适应性进化分析
• 3.1 方法
• 3.1.1 序列
• 3.1.2 相关软件
• 3.1.3 适应性进化分析
• 3.1.3.1 序列的系统发生分析
• 3.1.3.2 密码子替换模型的参数估计
• 3.2 结果
• 3.2.1 CNBP的适应性进化分析
• 3.2.1.1 CNBP同源序列系统发生树
• 3.2.1.2 CNBP正选择检验
• 3.2.2 eIF-5A的适应性进化分析
• 3.2.2.1 eIF-5A同源序列系统发生树
• 3.2.2.2 eIF-5A正选择检验
• 3.3 讨论
• 3.3.1 CNBP的进化保守性
• 3.3.2 eIF-5A的进化保守性
• 第4章 小结
• 致谢
• 参考文献
• 附录 缩略语
• 攻读学位期间的研究成果