鸭瘟病毒UL10基因分子特性及转录时相分析

论文摘要

对DPV UL10基因（GenBank登录号EU195100）进行了分子特性分析,利用RT-PCR对DPV UL10基因进行转录时相分析,结果如下：1.鸭瘟病毒UL10基因的分子特性分析DPV UL10基因全长1230bp,由409个氨基酸残基组成,等电点为9.05；UL10蛋白含有1个信号肽和8个跨膜区,主要定位于细胞质中。UL10蛋白含有15个潜在的磷酸化位点。序列对比分析表明DPV CHvUL10与与α疱疹病毒的核苷酸同源性较高,其核苷酸序列与Gallid herpesvirus 2、Psittacidherpesvirus1、Human herpesvirus 5和Meleagrid herpesvirus 1的同源性为54.5%,3.5%,41.5%和46.4%,表明它们可能功能相似。2.鸭瘟病毒UL10基因序列的密码子偏爱性分析DPV CHv株UL10基因在其它相关23株疱疹病毒之间高度保守,与α疱疹病毒的核苷酸同源性较高。相关数据显示DPV UL10同义密码子的使用呈偏爱性。DPV UL10基因与大肠杆菌、酵母及人密码子使用频率差值分别有27个,酵母有21个,人有29个。相关性分析显示DPV UL10基因密码子与酵母之间存在较显著关系（P<0.05）。3.鸭瘟病毒UL10基因的转录时相：根据DPV UL10基因和内参基因β-actin的保守序列分别设计了荧光定量引物,收集感染鸭瘟病毒后0.5h、1h、2h、4h、8h、12h、24h、36h、48h、60h、72h等不同时间段的鸭胚成纤维细胞,Trizol法提取RNA后进行逆转录,以cDNA为模板进行RT-PCR扩增。表明在0.5h最早检测到DPV UL10基因的转录产物,36h迅速放大,60h达到峰值,72h相对下降。

论文目录

• 本论文的创新性工作
• 中文摘要
• ABSTRACT
• 第一部分 文献综述
• 第一章 疱疹病毒UL10基因及其编码蛋白研究进展
• 1 疱疹病毒UL10基因及其编码蛋白的特点
• 1.1 UL10基因序列的特点
• 1.2 UL10编码蛋白的特点
• 1.3 UL10的亚细胞定位
• 2 UL10蛋白的作用
• 2.1 在病毒的复制、出芽和细胞间转染中的作用
• 2.2 UL10蛋白与UL49.5蛋白的相互作用
• 2.3 抑制细胞间的融合
• 3 总结展望
• 4 选题目的及意义
• 第二部分 实验研究
• 第一章 鸭瘟病毒UL10基因的分子特征分析
• 1 材料和方法
• 1.1 基因文库
• 1.2 主要生物信息学分析软件
• 1.3 DPV CHv株UL10基因序列的生物信息学分析
• 2 结果
• 2.1 DPV UL10基因的发现
• 2.2 核酸序列分析
• 2.3 核苷酸序列特征分析
• 2.4 蛋白质序列特征分析
• 3 讨论和小结
• 第二章 鸭瘟病毒UL10基因序列密码子偏爱性分析
• 1 材料与方法
• 1.1 基因序列
• 1.2 DPV UL10基因分子特征和系统进化树分析
• 1.3 DPV和23株疱疹病毒UL10基因密码子使用分析
• 1.4 DPV UL10基因密码子使用偏爱性的种系发生特性分析
• 2 结果
• 2.1 DPV UL10基因特性
• 2.2 DPV和参考疱疹病毒UL10基因密码子使用分析
• 2.3 DPV UL10基因密码子使用偏爱模式分析
• 2.4 DPV UL10基因与大肠杆菌、酵母及人的密码子使用偏爱性比较
• 3 讨论
• 3.1 密码子使用与物种表达的相关性
• 3.2 密码子使用与DPV物种归属的相关性
• 第三章 鸭瘟病毒UL10基因转录时相分析
• 1 材料
• 1.1 菌株
• 1.2 主要试剂
• 2 试验方法
• 2.1 鸭胚成纤维细胞的培养与病毒感染
• 2.2 mRNA提取
• 2.3 总RNA逆转录
• 2.4 引物的设计和合成
• 2.5 引物特异性检测
• 2.6 制备标准品
• 2.7 RTPCR标准曲线的制作
• 2.8 RT-PCR反应
• 2.9 实时荧光定量PCR结果分析
• 3 结果
• 3.1 引物设计
• 3.2 RNA完整性分析
• 3.3 FQ-PCR标准曲线的制作
• 3.4 FQ-PCR对DPV UL10基因的定量检测
• 4 讨论
• 4.1 转录时相的研究方法
• 4.2 标准曲线的分析
• 4.3 UL10基因转录时相分析
• 第三部分 结论
• 第四部分 参考文献
• 致谢
• 作者简介