南极海洋石油烃低温降解菌Shewanella sp.NJ49加氧酶及其基因研究

南极海洋石油烃低温降解菌Shewanella sp.NJ49加氧酶及其基因研究

论文摘要

近年来,随着南极地区人类活动的增加,尤其是旅游和科研活动的增加,南极环境污染状况正日益加剧;石油烃污染是南极环境污染中最引人注目的问题,大量的石油制品以各种方式进入南极水域,对南极环境构成巨大的威胁。生物修复是消除海洋石油烃污染的重要途径,然而南极海洋系统独特的低温,高盐和强紫外辐射的环境条件,使得普通的常温微生物很难发挥其生物修复功能;本文以从南极海水海冰样品中筛选到的能降解石油烃的低温降解菌为研究对象,以期为海洋石油烃污染的低温生物修复技术应用奠定基础。本文以从南极海水样品中筛选到的能够高效降解烷烃和芳香烃的南极石油烃低温降解菌Shewanella sp. NJ49为材料菌株,对其烷烃降解特性、石油烃微生物降解的拉曼光谱实时监测、降解酶的定域、单加氧酶的分离纯化及理化性质和加氧酶的分子生物学表征等方面进行了研究,主要获得以下结果:南极石油烃低温降解菌Shewanella sp. NJ49可以在低温环境下高效降解正十六烷烃。将激光光镊拉曼光谱技术应用于烷烃微生物低温降解的研究,实时监测烷烃降解过程中降解菌单细胞、细胞群生长过程和降解前后培养基中产物的变化,初步推断南极菌NJ49的拉曼光谱峰值所代表的物质,其中位于783 cm-1、812 cm-1峰值处主要代表物质是磷脂类和油酸,1004 cm-1附近的峰主要代表物质是脂类,峰值1156 cm-1处代表的物质是葡聚糖类,1370 cm-1处是核苷酸类遗传物质,1435 cm-1和1516 cm-1处为蛋白质类,首次从细菌细胞水平获得对南极细菌低温降解正十六烷的新认识。对南极石油烃低温降解菌Shewanella sp. NJ49的降解酶定域研究表明,正烷烃的微生物降解通过氧化酶系酶促反应进行;南极菌NJ49降解正十六烷过程中起主要作用的是胞外酶和膜周酶(尤其以胞外酶为主),其中胞外酶和膜周酶通过正十六烷烃末端氧化完成其初步降解,并生成正十六醛、正十六醇等产物;胞内酶在正十六烷降解过程中所起作用较小,GC-MS图谱分析结果与上述结论一致。采用细胞静息技术获得胞外酶后,用超滤的方法收集分子量分别为>100000、30000-100000、10000-30000、5000-10000等4种不同分子量区段的酶,测定并比较酶活性,气相色谱分析结果可知分子量为3-10万区段的酶为降解正十六烷的关键酶;经硫酸铵盐析、酶的透析与超滤浓缩和葡聚糖凝胶SephardexG-75柱层析后,SDS-PAGE凝胶电泳结果显示得到了由α、β、γ三个亚基组成,分子量分别为56kD、45kD和36kD的单加氧酶。南极石油烃低温降解菌Shewanella sp. NJ49中存在能够降解石油烃的单加氧酶alkB,通过基因克隆和基因组步移技术得到长度为1176 bp的单加氧酶alkB全长序列;实时荧光定量PCR表达结果显示正十六烷浓度、温度、高盐和紫外辐射对南极菌NJ49降解正十六烷的能力均有不同程度的影响,对应温度梯度的最大相对表达量是15℃,单加氧酶alkB对应正十六烷浓度的最大相对表达量的是20 mg/L,对应UV-B紫外辐射时间梯度的最大相对表达量是6 h,对应高盐不同时间梯度的最大相对表达量是90‰NaCl 2 h。此外,通过基因克隆和基因组步移技术,从南极石油烃低温降解菌Shewanella sp. NJ49克隆到全长为924 bp的双加氧酶序列;实时荧光定量PCR表达结果显示萘浓度、温度和紫外辐射对南极菌NJ49降解萘的能力均有不同程度的影响,南极菌NJ49双加氧酶对应的最大相对表达量的萘浓度是50 mg/L,温度梯度是15℃,UV-B紫外辐射时间梯度中双加氧酶对应的最大相对表达量是4 h。

论文目录

  • 摘要
  • Abstract
  • 1 前言
  • 1.1 海洋污染及其现状
  • 1.2 海洋石油烃的污染
  • 1.2.1 海洋中石油烃污染的影响和危害
  • 1.2.2 海洋污染物的迁移和检测
  • 1.2.3 海洋石油污染的治理
  • 1.3 石油污染物的微生物降解
  • 1.3.1 石油污染物降解微生物的类群
  • 1.3.2 石油污染物微生物降解原理
  • 1.3.3 加氧酶
  • 1.4 低温微生物分布与分类
  • 1.4.1 低温微生物适冷性机理
  • 1.4.2 低温微生物在生物修复中的应用
  • 1.4.3 极端微生物的研究在南极环境保护上的意义
  • 1.5 实验技术
  • 1.5.1 激光光镊拉曼光谱技术
  • 1.5.2 酶分离纯化技术
  • 1.5.3 基因组步移
  • 1.6 本论文的目的和意义
  • 2 南极海洋石油烃低温降解菌Shewanella sp. NJ49 的低温降解特性及拉曼光谱研究
  • 2.1 材料和方法
  • 2.1.1 试验菌株
  • 2.1.2 试剂与仪器
  • 2.1.3 培养基
  • 2.2 实验方法
  • 2.2.1 菌种的活化培养
  • 2.2.2 NJ49 对正十六烷的降解实验
  • 2.2.3 正十六烷低温降解GC-MS 测定
  • 2.2.4 激光光镊拉曼光谱测定与分析
  • 2.3 结果和讨论
  • 2.3.1 NJ49 培养结果
  • 2.3.2 南极石油烃低温降解菌Shewanella sp. NJ49 降解正十六烷GC-MS 分析
  • 2.3.3 拉曼光谱测定与分析结果
  • 2.4 小结
  • 3 南极海洋石油烃低温降解菌Shewanella sp. NJ49 降解酶的定域
  • 3.1 材料和方法
  • 3.1.1 试验菌株
  • 3.1.2 试剂与仪器
  • 3.1.3 培养基
  • 3.2 实验方法
  • 3.2.1 菌种的培养和降解实验
  • 3.2.2 降解酶的定位
  • 3.2.3 气相色谱分析和气相色谱-质谱分析
  • 3.3 结果与讨论
  • 3.3.1 降解酶的定域
  • 3.3.2 酶降解正十六烷的代谢产物
  • 3.4 小结
  • 4 南极海洋石油烃低温降解菌Shewanella sp. NJ49 单加氧酶分离纯化及性质研究
  • 4.1 材料与方法
  • 4.1.1 试验菌株
  • 4.1.2 试剂与仪器
  • 4.1.3 试验与方法
  • 4.2 结果与讨论
  • 4.2.1 气相色谱图
  • 4.2.2 酶活检测结果
  • 4.2.3 Sephadex G-75 凝胶过滤
  • 4.2.4 聚丙烯酰胺凝胶电泳
  • 4.2.5 环境因素对酶活的影响
  • 4.3 小结
  • 5 南极海洋石油烃低温降解菌Shewanella sp. NJ49 烷烃单加氧酶基因克隆与表达分析
  • 5.1 试验试剂和材料
  • 5.2 实验方法
  • 5.2.1 alkB 基因片段的克隆
  • 5.2.2 基因组步移法克隆单加氧酶alkB 基因全长序列
  • 5.3 实时荧光定量PCR
  • 5.4 结果与讨论
  • 5.4.1 alkB 片段序列的克隆
  • 5.4.2 基因组步移第一次PCR 结果
  • 5.4.3 基因组步移第二次PCR 结果
  • 5.4.4 第二次PCR 产物纯化结果和全长序列拼接
  • 5.4.5 alkB 氨基酸序列分析
  • 5.4.6 实时荧光定量表达分析
  • 5.5 小结
  • 6 南极海洋石油烃低温降解菌Shewanella sp. NJ49 双加氧酶基因克隆与表达分析
  • 6.1 试验试剂和材料
  • 6.2 实验方法
  • 6.3 实时荧光定量PCR
  • 6.4 结果与讨论
  • 6.4.1 双加氧酶片段序列的克隆
  • 6.4.2 基因组步移第一次PCR 结果
  • 6.4.3 基因组步移第二次PCR 结果
  • 6.4.4 第二次PCR 产物纯化结果和全长序列拼接
  • 6.4.5 实时荧光定量表达分析
  • 6.5 小结
  • 7 结语
  • 参考文献
  • 攻读硕士期间发表文章
  • 致谢
  • 相关论文文献

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