猪排卵率候选基因ADAMTS-1的遗传效应分析

论文摘要

繁殖性状是非常重要的经济性状,产仔数的高低直接影响养猪业的生产效益,而排卵率和产仔数呈正相关。根据基因的生理生化功能,本研究选择了影响排卵率的候选基因含凝血酶敏感蛋白模体的去解联金属蛋白酶（a disintegrin andmetalloproteinase with thrombospondin motifs-1,ADAMTS-1）,应用比较基因组学和生物信息学等方法分离鉴定候选基因;利用直接测序法对所分离片段进行SNP筛选;利用PCR-RFLP方法对SNP进行检测,并以长白猪、大白猪、杜洛克原种猪群为材料,研究了猪ADAMTS-1基因的多态性位点与猪产仔数的相关性。具体结果如下:1.获得长白猪、大白猪、杜洛克猪ADAMTS-1基因的包括第六、七外显子及第六内含子部分基因组序列,经比对发现该基因外显子7编码区72bp处C/G颠换的SNP导致氨基酸改变（精氨酸变为脯氨酸）,导致了PvuⅡ限制性内切酶长度多态性,据此建立了PCR-PvuⅡ-RFLP酶切分型方法。2.在长白猪、大白猪、杜洛克猪群中采用PCR-PvuⅡ-RFLP酶切分型技术,进行ADAMTS-1基因的多态性检测,并与繁殖性状进行了关联分析,结果表明,在长白猪、大白猪、杜洛克猪中,均存在AA,AB,BB三种基因型。在长白猪中,初产的AA基因型产仔数最高,死胎数最低,BB型的死胎数最高;经产的产仔和活产仔数均是BB＞AB＞AA,差异显著（p＜0.05）,且加性效应显著（p＜0.05）。在大白猪中初产的产仔数和活仔数均为AB型最高;经产的产仔数和活仔数均为BB型最高。在杜洛克猪中初产和经产的AB基因型的产仔数和活仔数均高于AA基因型和BB基因型。3.获得长白猪、大白猪、杜洛克猪ADAMTS-1基因的包括第七、八外显子及第七内含子部分基因组序列,经比对发现该基因第七内含子926bp处有一个A/G转换,建立了PCR-MvaⅠ-RFLP方法酶切分型方法。4.在长白猪、大白猪、杜洛克猪群中采用PCR-MvaⅠ-RFLP酶切分型技术,进行ADAMTS-1基因的多态性检测,并与繁殖性状进行了关联分析。结果表明,在长白猪、大白猪、杜洛克猪中,均存在AA,AG,GG三种基因型,但是A等位基因频率在三种猪中明显偏低。在长白猪中,AG基因型的繁殖性状优于GG,在经产大白猪和初产杜洛克猪中AA基因型的产仔性状优于AG和GG基因型,推测A是优势等位基因,仍需进一步验证。

论文目录

• 摘要
• ABSTRACT
• 中英文对照和英文缩写
• 第一章 文献综述
• 1.前言
• 2.寻找主基因的方法
• 3 猪繁殖性状的候选基因研究进展
• 3.1 雌激素受体基因（ESTROGEN RECEPTOR,ESR）
• 3.2 促卵泡激素β亚基基因（FOLLICLE-STIMULATING HORMONE-B,FSHβ）
• 3.3 视黄酸受体γ亚基和视黄醇结合蛋白4基因（retinoic acid receptor-gamma,RARG;retinol-binding protein 4,RBP4）
• 3.4 催乳素受体基因（prolactin receptor,PRLR）
• 3.5 骨桥蛋白（Osteopontin,OPN）
• 3.6 褪黑素受体基因（Melatonin Receptor,MR）
• 3.7 Ob基因
• 3.8 FecB（Fecundity Booroola）基因
• 4.分子标记
• 5.单核苷酸多态性（SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM,SNP）及其检测
• 6.ADAMTS-1基因研究进展
• 6.1 排卵过程研究进展
• 6.2 猪排卵率和产仔数关系
• 6.3 ADAMS家族
• 6.4 ADAMTS-1基因（a disintegrin and metalloproteinase with thrombospondin motifs-1）及其研究进展
• 第二章 目的和意义
• 第三章 材料和方法
• 1.试验材料
• 1.1 试验动物血样
• 1.2 主要药品及试剂
• 1.3 缓冲液及常用试剂的配制
• 1.4 主要仪器和设备
• 2.试验方法
• 2.1 DNA的提取
• 2.2 基因组DNA浓度的测定和质量检测
• 2.3 引物设计及合成
• 2.4 猪ADAMTS-1基因克隆及序列分析
• 2.4.1 PCR产物回收、纯化
• 2.4.2 纯化的PCR扩增片段的克隆
• 2.4.3 阳性克隆子的鉴定及序列测定
• 2.4.4 生物信息学网站和分析软件
• 2.5 猪ADAMTS-1基因部分基因组片段的扩增、检测、酶切及电泳分型
• 2.5.1 基因PCR反应体系及条件
• 2.5.2 PCR产物的检测
• 2.5.3 酶切反应条件
• 2.6 数据处理分析
• 2.6.1 统计软件
• 2.6.2 基因效应统计分析模型
• 第四章 结果与分析
• 1.ADAMTS-1基因Pvu Ⅱ酶切位点的遗传效应分析
• 1.1 ADAMTS-1基因进行测序比对结果
• 1.2 ADAMTS-1基因Pvu Ⅱ酶切位点的PCR扩增结果
• 1.3 酶切产物经琼脂糖凝胶电泳分型结果
• 1.4 ADAMTS-1位点在群体中的等位基因频率和基因型频率
• 1.5 ADAMTS-1基因型与产仔性状的关联分析
• 2.ADAMTS-1基因Mva Ⅰ酶切位点的遗传效应分析
• 2.1 ADAMTS-1基因进行测序比对结果
• 2.2 ADAMTS-1基因Mva Ⅰ酶切位点的PCR扩增结果
• 2.3 酶切产物经琼脂糖凝胶电泳分型结果
• 2.4 ADAMTS-1的Mva Ⅰ位点在群体中的等位基因频率和基因型频率
• 2.5 ADAMTS-1基因型与产仔性状的关联分析
• 第五章 讨论
• 1.关于候选基因策略及SNPs研究
• 2.分析影响猪排卵率的因素
• 3.猪ADAMTS-1基因的遗传效应分析
• 4.本研究的创新点
• 5.下一步工作
• 5.1 进一步扩大猪的品种和数量验证基因的功能
• 5.2 研究与相关基因的关系
• 5.3 继续寻找新的候选基因
• 小结
• 参考文献
• 致谢