猪圆环病毒2型PCR检测方法的建立及其甘肃分离株的遗传变异分析

猪圆环病毒2型PCR检测方法的建立及其甘肃分离株的遗传变异分析

论文摘要

猪圆环病毒2型(PCV2)是近些年来对养猪业危害最严重的病毒之一。PCV2感染主要引起断奶猪多系统衰竭综合征( PMWS)、怀孕母猪繁殖障碍(SAMS)、断奶猪和育肥猪的呼吸道疾病(PRDS)、猪皮炎和肾炎综合征(PDNS)、幼龄仔猪A2型先天性震颤(CT)、间质性肺炎(IP)、增生性坏死性肺炎(PNP)等。PCV2感染能降低猪体免疫力,常引起其他病原微生物的继发和并发感染,从而使病情加重。该病在世界许多国家和地区的广泛流行,已经造成了巨大的经济损失,严重影响养猪业的发展。我国很多地区也陆续报道有PCV2流行,甘肃省有PCV2感染疑似病例的发生且有血清学调查的报道,但尚无病原学诊断的证据。为了为PCV2的实验室诊断提供一种可靠的病原学检测方法,本研究在实验室现有研究的基础上,建立了快速检测PCV2的PCR方法,并对PCV2甘肃分离株的遗传变异情况进行了分析,获得结果如下。1.根据GenBank中PCV2全基因组序列设计了扩增片段大小为262 bp的引物P1/P2。为获得该对引物最佳的扩增效果和最高的敏感性,实验对该对引物的扩增条件进行了摸索和调整,即运用正交法,梯度性地改变变性温度和时间、退火温度和时间、延伸时间以及循环数等条件。最后确定了引物对P1/P2的最佳扩增效果,建立了检测PCV2的PCR方法。该引物从PCV2阳性病毒感染基因组中扩增出特异性条带的最低DNA含量为10-6 ng/mL(约100个PCV2病毒)。用该方法对我国甘肃省的75份临床发病猪的肺脏和淋巴结样品进行检测,结果有39份样品为阳性,阳性率为52%。2.根据Gengbank中发表的PCV2的全基因序列,设计一对特异性引物P3/P4。从该省PCV2阳性病料中抽取不同地区的样品6份,从6份阳性病料中直接扩增出PCV2全基因序列,分别命名为Gansu1、Gansu2、Gansu3、Gansu4、Gansu5、Gansu6。将扩增片段克隆入pMD 18-T载体。对质粒中的插入片段进行序列测定表明,Ganshu5的基因组长度为1768bp,其余各株均为1767bp。应用DNAstar序列分析软件,对测定的6个PCV2毒株全基因组序列与Gengbank中PCV毒株进行同源性比较并绘制系统发生树,结果表明,本研究的6个PCV2分离株之间核苷酸序列同源性达97.8%~99.4%;与PCV1毒株的序列同源性只有69.2%~70.3%。其中ORF1和ORF2所编码的氨基酸序列与国内外PCV2毒株比较,同源性也很高,分别为97.6%~99.1%和89%~99.2%。

论文目录

  • 摘要
  • ABSTRACT
  • 第一章 猪圆环病毒研究进展
  • 1.1 猪圆环病毒病原学研究
  • 1.1.1 猪圆环病毒的分类地位与形态
  • 1.1.2 猪圆环病毒的理化特性
  • 1.1.3 PCV 的细胞培养和超微结构
  • 1.2 猪圆环病毒的分子生物学特性
  • 1.2.1 病毒的基因组结构和特点
  • 1.2.2 PCV-2 的基因型
  • 1.2.3 病毒的复制与转录
  • 1.2.4 病毒的编码蛋白
  • 第二章 猪圆环病毒检测技术研究进展
  • 2.1 临床症状检测
  • 2.2 病毒的检测
  • 2.2.1 病毒分离及电镜观察
  • 2.2.2 病毒抗原的检测技术
  • 2.3 病毒抗体检测
  • 2.3.1 间接免疫荧光试验(IFA )
  • 2.3.2 免疫过氧化物酶单层细胞试验(IPMA)
  • 2.3.3 酶联免疫吸附试验(ELISA)
  • 第三章 猪圆环病毒病的流行病学研究进展
  • 3.1 圆环病毒的发现
  • 3.2 圆环病毒的流行情况
  • 3.2.1 国外的流行情况
  • 3.2.2 国内的流行情况
  • 3.2.3 PCVD 发生在各国间的差异
  • 3.3 PCVD 的感染与流行
  • 3.3.1 PCV-2 的易感动物
  • 3.3.2 PCVD 的传播方式及途径
  • 3.4 PCVD 流行的可能原因
  • 3.5 PCV-2 的发病率和死亡率
  • 第四章 猪圆环病毒2 型PCR 检测方法的建立及应用
  • 4.1 材料
  • 4.1.1 细胞及毒株
  • 4.1.2 病料
  • 4.1.3 主要试剂
  • 4.1.4 主要仪器
  • 4.2 方法
  • 4.2.1 引物设计
  • 4.2.2 PCR 模板制备
  • 4.2.3 PCR 扩增
  • 4.2.4 特异性试验
  • 4.2.5 敏感性试验
  • 4.2.6 样品检测
  • 4.3 结果
  • 4.3.1 PCR 扩增条件的优化
  • 4.3.2 特异性试验
  • 4.3.3 敏感性试验
  • 4.3.4 样品检测结果
  • 4.4 讨论
  • 第五章 猪圆环病毒2 型(PCV-2)分子流行病学调查与分析
  • 5.1 材料
  • 5.1.1 病料
  • 5.1.2 主要试剂、质粒与菌种
  • 5.1.3 主要仪器
  • 5.2 方法
  • 5.2.1 引物的设计与合成
  • 5.2.2 PCR 模板制备
  • 5.2.3 PCR 扩增
  • 5.2.4 PCR 扩增产物的凝胶电泳
  • 5.2.5 PCR 扩增产物的回收
  • 5.2.6 目的片段与载体的连接
  • 5.2.7 感受态细胞的制备
  • 5.2.8 连接产物的转化
  • 5.2.9 碱裂解法小量提取质粒
  • 5.2.10 重组质粒的鉴定
  • 5.2.11 DNA 序列分析
  • 5.3 结果
  • 5.3.1 PCV2 全基因扩增
  • 5.3.2 全基因的克隆鉴定
  • 5.3.3 序列测定和分析
  • 5.4 讨论
  • 结论
  • 参考文献
  • 致谢
  • 作者简介
  • 相关论文文献

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