蝗总科部分种类COⅡ和18SrDNA基因分子系统学研究

蝗总科部分种类COⅡ和18SrDNA基因分子系统学研究

论文摘要

蝗总科是直翅目蝗亚目的一个大类群,全世界有超过一万种。分布于全世界的热带、温带的草地和沙漠地区。郑哲民(2003)整理我国蝗总科共计有8科253属1053种.近几年又不断的有新种发表。本研究对蝗总科部分种类的线粒体基因COII与核基因18SrDNA进行联合分析,重建了其系统发育关系,为蝗总科的系统发育研究提供分子依据。本研究共提取了蝗总科4科15属24种蝗虫的总DNA。用一对引物扩增出长为684bp的COII基因全序列24条;用2对引物扩增出长为1803bp的18SrDNA基因部分序列23条。以蟋蟀总科Acheta domesticus、蚤蝼总科Ellipes minuta的COII和18SrDNA序列(从genebank中下载)作为外群进行系统发育分析。其分析过程包括:ClustalX-2.1对DNA序列进行比对;MEGA5.2对序列的碱基组成、碱基替换、遗传距离分析、碱基替换饱和分析;在PAUP4.0b10中对序列进行g1及PTP检验,对获得的序列进行系统发育信号检测;用PAUP4.0b10及MrBayes重建蝗总科4科部分种类的系统发育关系,最终得出以下结果:1.蝗总科24种昆虫线粒体基因COIl,有明显的A+T碱基组成偏向性:COII基因A+T平均含量为71.2%,G+C平均含量为28.9%,这与节肢动物线粒体基因组A+T偏向性一致。核基因18SrDNA基因较保守,在蝗总科23种昆虫的18SrDNA基因序列中,全部1806个位点,保守位点有1774个(98.2%),变异位点有30个(1.6%),A+T平均含量为47.9%,G+C平均含量为52.1%,A+T与G+C含量基本相当。2.蝗总科24种昆虫的COII基因序列TS/TV的平均值为1.23,转换频率略大于颠换,转换数最高发生在T-C之间。第一位点与第二位点转换频率明显大于颠换(R1st=3.09;R2st=2.25),第三位点转换小于颠换(R3st=0.80)。蝗总科23种昆虫18SrDNA基因序列TS/TV的平均值为1.56,转换频率大于颠换。3.24种蝗虫的COII基因的遗传距离在0-0.132之间,平均值为0.081;23种蝗虫的18SrDNA基因的遗传距离在0-0.008之间,平均值为0.004,可见序列较保守。4.对COII基因序列数据集、18SrDNA基因序列数据集以及联合数据集进行g1和PTP检验,均显示具有较强的系统发育信号。5.采用四种系统发育树构建方法,对线粒体基因COII、核基因18SrDNA以及COII&18SrDNA联合基因三个数据集构建NJ、MP、ML、BI树,并进行比较,结果表明四种方法构建的系统树差异不大。6.根据系统发育树得出各科间的亲缘关系:(1)网翅蝗科和槌角蝗科聚在一起,亲缘关系相对较近,这与传统分类观点一致。槌角蝗科的红拟棒角蝗同网翅蝗科聚为一起。(2)剑角蝗科在系统发育树中的位置不确定。从系统树的拓扑结构可以看出,剑角蝗科与其它科交织在一起。剑角蝗科的中华蚱蜢同斑翅蝗科疣蝗聚在一起,中华蚱蜢属于较原始的类群。而剑角蝗科日本鸣蝗却与网翅蝗科聚在一起。(3)大多数的斑翅蝗科都能很好的聚在一起,形成单系群。本文是对蝗总科4科部分种类以COII与18SrDNA为标记进行的一次序列组成与发育分析,其在一定程度上为蝗总科的分子进化与系统发育研究提供分子方面的依据,更深入的研究有待后续的补充与完善。在后续的研究中,适当增加样本种类及数量,利用多基因组或全基因组建树,得到最大化的系统发育信息,使其能更好地解决蝗总科的系统关系问题。

论文目录

  • 摘要
  • Abstract
  • 第一部分 前言
  • 1 蝗总科简介及分类研究现状
  • 1.1 蝗总科昆虫简介
  • 1.2 蝗总科分类研究概况
  • 1.3 蝗总科分子系统学研究概况
  • 2 昆虫分子系统学
  • 2.1 分子系统学定义
  • 2.2 分子系统学研究方法
  • 2.3 分子系统树构建方法
  • 3 线粒体基因组及COII基因
  • 3.1 线粒体基因组成及发育分析优势
  • 3.2 线粒体基因在分子系统学中的应用
  • 3.3 COII基因及COII在分子系统学中的应用
  • 4. 核基因及18SrDNA在动物分子系统学中的应用进展
  • 4.1 核基因应用简介
  • 4.2 18SrDNA的特点及其应用
  • 5 本研究的目的和意义
  • 第二部分 材料和方法
  • 1 实验材料
  • 1.1 实验标本的采集、保存与鉴定
  • 1.2 实验仪器和试剂
  • 2 实验方法
  • 2.1 总DNA提取
  • 2.2 PCR扩增
  • 3 实验数据处理和分析
  • 3.1 序列校对与同源性比较
  • 3.2 序列比对
  • 3.3 序列组成分析
  • 3.4 数据组系统发育信号检验
  • 3.5 系统发育树的构建
  • 3.6 进化树的统计检验
  • 第三部分 结果分析
  • 1 基因组总DNA的提取、PCR扩增及序列的测定
  • 1.1 基因组总DNA提取
  • 1.2 PCR产物检测
  • 1.3 PCR产物的测序
  • 2 COII基因序列分析结果
  • 2.1 COII基因序列组成分析
  • 2.2 COII基因碱基替换分析
  • 2.3 氨基酸组成和密码子的使用
  • 2.4 不同种间COII基因遗传距离分析
  • 2.5 系统发育信号检测
  • 3 18SrDNA基因序列分析结果
  • 3.1 18SrDNA基因序列组成分析
  • 3.2 18SrDNA基因碱基替换分析
  • 3.3 不同种间18S rDNA基因遗传距离分析
  • 3.4 系统发育信号检测
  • 4 联合基因序列分析结果
  • 4.1 联合基因序列组成分析
  • 4.2 联合基因碱基替换分析
  • 4.3 不同种间联合基因遗传距离分析
  • 4.4 系统发育信号检测
  • 5 构建系统发育树
  • 5.1 最大似然法建树
  • 5.2 贝叶斯法建树
  • 5.3 简约法建树
  • 5.4 邻接法建树
  • 5.5 不同方法构建的系统树的比较
  • 第四部分 结论
  • 参考文献
  • 致谢
  • 攻读学位期间研究成果
  • 相关论文文献

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