肺腺癌胸腔积液Shotgun蛋白质组学分析

论文摘要

目的获得人肺腺癌恶性胸腔积液详细的蛋白质组分信息,建立人类肺腺癌恶性胸腔积液蛋白质表达谱,以期为筛选出有潜力成为肺腺癌相关分子标志物的蛋白质奠定基础。方法应用shotgun研究策略（单向凝胶电泳—液相色谱串联质谱）对5例病理明确诊断的肺腺癌病人胸腔积液的混合样品进行蛋白质组学研究,首先应用十二烷基磺酸钠—聚丙烯酰胺凝胶电泳（SDS-PAGE）初步分离胸腔积液蛋白样品,建立SDS凝胶电泳图谱,然后通过液相色谱串联质谱（1D-LC-LTQ系统,Finnigan线性离子阱串联质谱仪）进行分析,将质谱分析得到的数据应用SEQUEST软件及数据库搜索完成蛋白质组学鉴定,并对鉴定出的所有蛋白质从亚细胞定位、生物学途径、分子功能三个方面进行GOA分类。结果应用shotgun蛋白质组学方式在人肺腺癌胸腔积液混合样品中成功鉴定出230种蛋白质,并使用GOA工具得到这些蛋白质亚细胞定位、生物学途径、分子功能三个方面的详细分类信息。在所有230种蛋白中,其中具有高可信度的蛋白质有123种（至少有两段独特肽序列与之匹配）,可信度较低的蛋白质有107种（只有一段独特肽序列与之匹配）。在鉴定出的123种高可信度蛋白质之中,绝大多数蛋白质来源于血浆,只有7种蛋白质迄今为止尚无文献报道在血浆中出现,包括膜联蛋白A2、JUP蛋白、转化生长因子βig-h3蛋白、V-set及免疫球蛋白区域包含蛋白4、Ifapsoriasin2、肌动蛋白胞质型1（Actin,cytoplasmic 1）、Suprabasin。结论通过shotgun蛋白质组学技术以及GOA注释,我们获得人肺腺癌恶性胸腔积液详细的蛋白质组份信息,初步建立了人肺腺癌恶性胸腔蛋白质表达谱。123种高可信度蛋白质的绝大多数来源于血浆,只有7种蛋白质迄今为止尚未见报道在血浆中出现,包括膜联蛋白A2、JUP蛋白、转化生长因子βig-h3蛋白、V-set及免疫球蛋白区域包含蛋白4、Ifapsoriasin2、肌动蛋白胞质型1（Actin,cytoplasmic1）、Suprabasin,这些蛋白质存在于恶性胸腔积液而不易在血浆中被检测出来,因此可能有潜力成为诊断肺腺癌的分子标志物,其中膜联蛋白A2因其具有调节细胞的粘附和生长增殖能力而更具特殊意义。

论文目录

• 摘要
• Abstract
• 第一章 前言
• 1.1 前言
• 1.2 参考文献
• 第二章 肺腺癌胸腔积液Shotgun蛋白质组学分析
• 2.1 材料与方法
• 2.1.1 仪器设备
• 2.1.2 技术路线图
• 2.1.3 研究方法
• 2.2 结果
• 2.3 讨论
• 2.4 参考文献
• 第三章 恶性胸腔积液蛋白质组学研究进展综述
• 3.1 蛋白质组学相关概念
• 3.2 蛋白质组学研究的主要技术手段
• 3.2.1 蛋白质的分离
• 3.2.2 凝胶蛋白质点的染色和图像分析
• 3.2.3 蛋白质的鉴定
• 3.2.4 其他技术
• 3.2.5 生物信息学
• 3.3 蛋白质组学在恶性肿瘤研究中的应用
• 3.4 恶性胸腔积液的蛋白质组学研究
• 3.5 展望
• 3.6 参考文献
• 缩略词索引
• 致谢