本文主要研究内容
作者于涛,张宇阳,高健,柯蕾,马文宝,李俊清（2019）在《极小种群濒危植物盐桦叶绿体基因组特征分析》一文中研究指出：【目的】为了解析极小种群植物盐桦叶绿体基因组结构,筛选SSRs分子标记和桦属叶绿体基因组高变区,采用高通量测序技术完成盐桦叶绿体基因组测序并与其近缘种进行比对分析。【方法】采集盐桦幼叶,使用TIANGEN试剂盒提取DNA并利用HiSeq Xten测序平台进行测序。以欧洲矮桦叶绿体基因组作为参考,使用MITObim v1.8和NOVOplasty软件拼接组装盐桦叶绿体基因组,并利用生物信息学手段进行特征分析。【结果】利用质量控制后的30 000 000条clean data,成功拼接完成序列全长为160 648 bp的盐桦叶绿体基因组,NCBI登录号为MG674393。其中,大单拷贝(LSC)区段长度89 553 bp,GC含量33.7%,小单拷贝(SSC)区段长19 027 bp,GC含量为29.7%,2个反向重复区(IRs)区段均为26 034 bp,GC含量42.5%。成功注释了盐桦叶绿体基因组共114个基因,其中包括79个蛋白编码基因,31个tRNA基因和4个rRNA基因。盐桦叶绿体基因组含有91个SSRs位点,其中33个SSRs均由A或T组成。SSRs主要分布于LSC区,56个SSRs位于LSC区,13个SSRs位于SSC区,而IRs区有22个SSRs。对盐桦和欧洲矮桦叶绿体全基因组进行比对分析,结果显示ndhC-trnV、petA-psbJ、rpl22-rps19区域的核酸变异度(π>0.2)显著高于其他区域,高变区的位置都位于LSC区,而IRs区和SSC区内2种植物变异度较小。正选择分析显示ycf1,rpoC1,rpl2与ndhA 4个基因出现正选择信号。盐桦、欧洲矮桦与其他双子叶植物共14条叶绿体全基因组序列通过MP、NJ方法进行聚类分析,MP和NJ树中的11个节点中有9个支持度为100%。支持盐桦和欧洲矮桦亲缘关系最近,桦木属物种与天目铁木在同一分支。【结论】通过高通量测序和生物信息学分析,得到盐桦叶绿体基因组。比对分析表明结构、基因组成和SSRs分布都与欧洲矮桦叶绿体基因组相似,二者在3个片段区域存在较高的核酸多态性,可作为桦属植物叶绿体基因组高分辨率的分子条形码。正选择分析确定有4个基因出现正选择信号(ycf1,rpoC1,rpl2,ndhA)。本研究结果可为极小濒危植物盐桦的保护工作提供重要的遗传背景信息。
Abstract
【mu de 】wei le jie xi ji xiao chong qun zhi wu yan hua xie lu ti ji yin zu jie gou ,shai shua SSRsfen zi biao ji he hua shu xie lu ti ji yin zu gao bian ou ,cai yong gao tong liang ce xu ji shu wan cheng yan hua xie lu ti ji yin zu ce xu bing yu ji jin yuan chong jin hang bi dui fen xi 。【fang fa 】cai ji yan hua you xie ,shi yong TIANGENshi ji he di qu DNAbing li yong HiSeq Xtence xu ping tai jin hang ce xu 。yi ou zhou ai hua xie lu ti ji yin zu zuo wei can kao ,shi yong MITObim v1.8he NOVOplastyruan jian pin jie zu zhuang yan hua xie lu ti ji yin zu ,bing li yong sheng wu xin xi xue shou duan jin hang te zheng fen xi 。【jie guo 】li yong zhi liang kong zhi hou de 30 000 000tiao clean data,cheng gong pin jie wan cheng xu lie quan chang wei 160 648 bpde yan hua xie lu ti ji yin zu ,NCBIdeng lu hao wei MG674393。ji zhong ,da chan kao bei (LSC)ou duan chang du 89 553 bp,GChan liang 33.7%,xiao chan kao bei (SSC)ou duan chang 19 027 bp,GChan liang wei 29.7%,2ge fan xiang chong fu ou (IRs)ou duan jun wei 26 034 bp,GChan liang 42.5%。cheng gong zhu shi le yan hua xie lu ti ji yin zu gong 114ge ji yin ,ji zhong bao gua 79ge dan bai bian ma ji yin ,31ge tRNAji yin he 4ge rRNAji yin 。yan hua xie lu ti ji yin zu han you 91ge SSRswei dian ,ji zhong 33ge SSRsjun you Ahuo Tzu cheng 。SSRszhu yao fen bu yu LSCou ,56ge SSRswei yu LSCou ,13ge SSRswei yu SSCou ,er IRsou you 22ge SSRs。dui yan hua he ou zhou ai hua xie lu ti quan ji yin zu jin hang bi dui fen xi ,jie guo xian shi ndhC-trnV、petA-psbJ、rpl22-rps19ou yu de he suan bian yi du (π>0.2)xian zhe gao yu ji ta ou yu ,gao bian ou de wei zhi dou wei yu LSCou ,er IRsou he SSCou nei 2chong zhi wu bian yi du jiao xiao 。zheng shua ze fen xi xian shi ycf1,rpoC1,rpl2yu ndhA 4ge ji yin chu xian zheng shua ze xin hao 。yan hua 、ou zhou ai hua yu ji ta shuang zi xie zhi wu gong 14tiao xie lu ti quan ji yin zu xu lie tong guo MP、NJfang fa jin hang ju lei fen xi ,MPhe NJshu zhong de 11ge jie dian zhong you 9ge zhi chi du wei 100%。zhi chi yan hua he ou zhou ai hua qin yuan guan ji zui jin ,hua mu shu wu chong yu tian mu tie mu zai tong yi fen zhi 。【jie lun 】tong guo gao tong liang ce xu he sheng wu xin xi xue fen xi ,de dao yan hua xie lu ti ji yin zu 。bi dui fen xi biao ming jie gou 、ji yin zu cheng he SSRsfen bu dou yu ou zhou ai hua xie lu ti ji yin zu xiang shi ,er zhe zai 3ge pian duan ou yu cun zai jiao gao de he suan duo tai xing ,ke zuo wei hua shu zhi wu xie lu ti ji yin zu gao fen bian lv de fen zi tiao xing ma 。zheng shua ze fen xi que ding you 4ge ji yin chu xian zheng shua ze xin hao (ycf1,rpoC1,rpl2,ndhA)。ben yan jiu jie guo ke wei ji xiao bin wei zhi wu yan hua de bao hu gong zuo di gong chong yao de wei chuan bei jing xin xi 。
论文参考文献
论文详细介绍
论文作者分别是来自林业科学的于涛,张宇阳,高健,柯蕾,马文宝,李俊清，发表于刊物林业科学2019年02期论文，是一篇关于盐桦论文,叶绿体基因组论文,高通量测序论文,系统发育论文,林业科学2019年02期论文的文章。本文可供学术参考使用，各位学者可以免费参考阅读下载，文章观点不代表本站观点，资料来自林业科学2019年02期论文网站，若本站收录的文献无意侵犯了您的著作版权，请联系我们删除。
标签：盐桦论文; 叶绿体基因组论文; 高通量测序论文; 系统发育论文; 林业科学2019年02期论文;