暗纹东方鲀中BAFF基因相关性序列的性质探讨

论文摘要

本研究为解决暗纹东方鲀养殖过程中病虫害的防治方法,从提高鱼体自身免疫出发,探讨存在哪些与哺乳类、鸟类BlyS基因相关性的DNA序列以及这些序列的性质。人B淋巴细胞刺激因子（又称为BAFF、BlyS、TALL-1、zTNF4、THANK）是1999年发现的肿瘤坏死因子超家族的成员之一,它与某些免疫疾病的致病机制密切相关,低量或过量表达均能引起机体的免疫失衡。根据四种已知高度保守的BlyS同源片段设计引物,同时以草鱼、青鱼模板做外对照,人模板做阳性对照,经PCR扩增、割胶回收、克隆测序。结果表明:以鱼基因组为模板经PCR扩增获得了542bp、349bp、221bp三条片段;以人基因组为模板获得5条片段,将最亮一条测序,发现是位于14号染色体上的片段,与人BlyS没有相关性。542bp序列在暗纹东方鲀和草鱼中是非常保守的,A含量最低占18.8%,判断此段序列属于红鳍东方鲀基因组文库中“N（任意核苷酸）”区,填补了红鳍东方鲀基因组文库（2007）数据的空白。349bp和221bp在暗纹东方鲀、红鳍东方鲀及草鱼中都是保守的。因此542bp、349bp、221bp三条片段属于引物特异性扩增,但对于BlyS来说是非特异性片段。暗纹东方鲀和红鳍东方鲀序列比对分析显示:349bp序列中,转换颠换各发生3次、1次,插入/缺失12次。221bp序列中,碱基替换各1次,插入/缺失共6次,以上结果符合大多数生物DNA序列进化中转换大于颠换的现象,但插入或缺失出现的频率要远远高于碱基转换和颠换。在暗纹东方鲀和红鳍东方鲀中碱基突变的主要方式为插入或缺失。同时用生物学软件将此三段DNA序列按照三种读码框自动翻译成氨基酸序列,能够折叠成类似BlyS蛋白空间结构的可能性很小,在蛋白质数据库中做Blast,同样没有发现与BlyS蛋白相关性序列。结论:此三条序列与BlyS蛋白的相关性很小,并且也不属于其他性质的基因或蛋白,推测可能是新发现的三段序列,有待进一步研究。

论文目录

• 摘要
• Abstract
• 前言
• 第一部分 文献综述
• 第一章 B淋巴细胞刺激因子的研究进展
• 1.BlyS及其生物学活性
• 2.BlyS相关的免疫疾病
• 3.BlyS的临床应用前景
• 4.BlyS基因的成功克隆
• 5.结论与展望
• 第二章 暗纹东方鲀的研究进展
• 1.河纯鱼的营养价值
• 2.暗纹东方鲀的营养价值和养殖
• 3.红鳍东方纯是一种模式生物
• 第二部分 实验研究
• 第三章 引物设计、暗纹东方鲀基因组的提取、PCR反应
• 1.实验材料
• 1.1 样品
• 1.2 试剂
• 1.3 主要实验仪器
• 2.实验方法
• 2.1 引物设计
• 2.2 野生暗纹东方纯总DNA的提取
• 2.3 PCR反应最适条件的摸索
• 2.4 PCR扩增产物的回收
• 2.5 PCR产物的克隆与测序
• 2.6 转化及鉴定
• 3.结果
• 3.1 野生暗纹东方鲀总DNA的提取
• 3.2 PCR扩增的结果
• 第四章 暗纹东方鲀三条序列的生物信息学分析
• 1.实验材料
• 1.1 样品
• 1.2 试剂
• 1.3 主要实验仪器
• 1.4 主要试剂配制
• 2.实验方法
• 3.结果与分析
• 3.1 从DNA水平上分析暗纹东方纯和红鳍东方纯中与BlyS相关性序列
• 3.2 红鳍东方纯中与BlyS基因相关性序列性质的研究
• 3.3 从氨基酸水平上对三条序列分别进行生物信息学分析
• 4.讨论
• 参考文献
• 致谢
• 附录