油松天然种群遗传多样性及系统地位分析

油松天然种群遗传多样性及系统地位分析

论文摘要

油松(Pinus tabulaeformis Carr.)根系发达,极耐干旱贫瘠,具有良好的保持水土、涵养水源及改良土壤的作用,是我国华北及西北荒山绿化和营造生态林的重要树种。山西是天然油松林分布面积最大的省份之一,也是油松的分布中心,以油松为建群种构成的寒温性针叶林是分布于山西关帝山、太岳山和中条山等地的优势植被类型,在山西森林生态系统中占着举足轻重的地位。然而以往对油松遗传多样性的研究多集中于形态学、细胞学和蛋白质水平。分子水平的研究工作刚刚起步,油松的许多遗传指标仍知之甚少,这对于油松天然林的合理保护和可持续经营是远远不够的。RAPD分子标记和ISSR分子标记是研究种群遗传结构的两个非常有效的工具。本研究在对山西油松地理分布实地考察和全面分析的基础上,选取历山、紫团山、灵空山、芦芽山和关帝山5个天然油松种群作为研究对象。运用RAPD和ISSR标记两种方法,检测天然油松种群的遗传结构及其空间分布格局,探讨各种生态因子与遗传变异的关系,揭示油松对复杂生境的分子适应机制。运用两对引物扩增了叶绿体trnT-trnL和trnS-trnG基因间隔序列,为松属基因组的比较和系统进化研究提供重要信息。主要的研究结果如下:1.山西油松种群的多态位点百分率和多样性指数。用15个RAPD引物对油松种群140个个体进行PCR扩增,共扩增出125个位点,其中多态位点99个,占79.20%;Nei多样性指数和Shannon多样性指数分别为0.2853和0.4232,在5个油松种群中其变化范围分别介于0.2243~0.2626和0.3352~0.3860之间。5个ISSR引物共扩增出35个位点,多态位点28个,占80.00%;Nei多样性指数和Shannon多样性指数分别为0.3085和0.4468。两种标记估算的多样性能比较一致地反映各种群的遗传多样性,即灵空山种群和关帝山种群拥有较高的遗传多样性,芦芽山种群的遗传多样性水平相对较低。通过与松属其它物种的比较,油松种群遗传多样性在松属中处于中等偏高水平。2.山西天然油松种群的遗传结构。RAPD标记扩增的油松种群遗传多样性指数为0.2853,种群内变异为0.2428,遗传分化系数为0.1491;ISSR扩增的油松种群的遗传多样性指数为0.3085,种群内变异为0.2667,遗传分化系数为0.1356。两种标记反映出油松种群间均存在一定程度的变异和分化,在总的遗传变异中85.00%以上的变异存在于种群内,种群间的变异近15.00%。遗传变异主要存在于种群内,种群间的变异虽然不是遗传变异的主要来源,但这是不可忽视的,说明各种群间已经产生一定的遗传分化,从种群分布的自然地理环境分析可知,种群遗传结构格局的形成是环境因素、人为因素和物种本身生物学特性综合作用的结果。3.5个油松种群间的遗传关系。基于ISSR标记,根据Nei的方法计算油松种群的遗传相似系数和遗传距离。芦芽山种群和关帝山种群遗传一致度最高为0.9716,遗传距离最小为0.0288,这两个种群的相似程度最大;紫团山种群和关帝山种群遗传一致度最低为0.8999,遗传距离最大为0.1054,这两个种群亲缘关系相对较远。RAPD标记和ISSR标记反映5个种群间亲缘关系的远近稍有不同,但UPGMA的聚类结果完全一致。灵空山种群和紫团山种群首先聚在一起,再与历山种群聚为一组,芦芽山种群和关帝山种群聚为另一组,2组再聚在一起,地理距离相近的种群首先聚在一起。4.油松叶绿体DNA间隔序列的特点及应用。由于叶绿体DNA的编码区和非编码区分子进化速度不同,因而适用于不同阶元的系统学研究。本研究用两对特异引物扩增油松叶绿体非编码区trnT-trnL和trnS-trnG间隔序列,序列对比结果显示这两个片段在物种水平十分保守和稳定,而在松科各属间变异位点丰富,说明这两个序列片段不适合作为物种以下种群间的分析,适合作为物种以上的分子标记和系统学研究。结合GenBank(http://www.ncbi.nlm.nih.gov)中已有的序列资料,下载其它有关的松科植物trnT-trnL和trnS-trnG序列,一起进行分支分析,构建邻接系统进化树。分析了油松与其近缘物种的亲缘关系,为松科属间或种间植物提供更多更深入的信息。山西高原油松种群遗传多态性主要来自等位基因频率的不同,而不是等位基因的组成的差异。说明部分个体的死亡不会发生基因丢失,但个体数的减少会使种群在某些位点有遗传漂变的趋势,降低种群适应环境的能力,从而影响到种群的质量和进化潜力。对油松天然林保护要有科学的理念,长远的策略,保护生境,减少人为干扰,使其不片断化是油松资源保护工作的重点。

论文目录

  • 中文摘要
  • 英文摘要
  • 第一章 引言
  • 1.研究的目的意义
  • 2.研究依据
  • 3.遗传多样性的检测方法及应用
  • 3.1 形态学标记及应用
  • 3.2 细胞学标记及应用
  • 3.3 生化标记及应用
  • 3.4 分子标记及应用
  • 3.4.1 RAPD分子标记
  • 3.4.2 ISSR分子标记
  • 3.5 DNA序列分析技术
  • 4.遗传标记在油松遗传多样性研究中的应用
  • 4.1 形态学标记
  • 4.2 细胞学标记
  • 4.3 生化标记
  • 4.4 DNA分子标记
  • 第二章 研究对象及其取样地自然概况
  • 1.油松及其地理分布
  • 1.1 油松的生物学特性
  • 1.2 油松的地理分布
  • 2.取样地自然概况
  • 2.1 历山自然保护区概况
  • 2.2 芦芽山自然保护区概况
  • 2.3 关帝山自然保护区概况
  • 2.4 灵空山自然保护区概况
  • 2.5 紫团山自然概况
  • 第三章 利用RAPD技术对油松种群遗传多样性的研究
  • 1.试验材料与方法
  • 1.1 试验材料
  • 1.1.1 样品的采集与保存
  • 1.1.2 油松基因组DNA的提取与纯化
  • 1.2 试验方法
  • 1.2.1 RAPD反应条件的建立
  • 1.2.2 RAPD扩增产物的分析
  • 2.油松RAPD扩增结果分析
  • 2.1 油松多态位点分析
  • 2.1.1 不同引物检测油松多态位点
  • 2.1.2 多态位点在不同种群的出现频率
  • 2.1.3 不同油松种群的多态位点比较
  • 2.2 油松遗传多样性分析
  • 2.2.1 油松不同位点的遗传多样性
  • 2.2.2 油松不同种群的遗传多样性
  • 2.3 油松种群的遗传结构分析
  • 2.3.1 油松多态位点的遗传特征
  • 2.3.2 5个油松种群遗传结构分析
  • 2.4 油松不同种群间的遗传关系和聚类分析
  • 3.讨论
  • 3.1 多态位点百分率
  • 3.2 山西天然油松种群遗传结构分析
  • 3.3 影响山西天然油松种群遗传结构的原因分析
  • 3.4 遗传距离和地理距离的关系
  • 3.5 RAPD是一个有效的分子标记
  • 第四章 利用ISSR技术对油松种群遗传多样性的研究
  • 1.试验材料与方法
  • 1.1 试验材料
  • 1.2 试验方法
  • 1.2.1 DNA提取
  • 1.2.2 ISSR扩增反应
  • 1.2.3 ISSR扩增产物的分析
  • 2.油松ISSR扩增结果分析
  • 2.1 多态位点比率
  • 2.2 油松不同种群多态位的出现频率
  • 2.3 油松种群的遗传多样性
  • 2.4 天然油松种群的遗传分化和基因流
  • 2.5 种群间的遗传关系和聚类分析
  • 3.结果与讨论
  • 3.1 山西油松种群的遗传多样性水平
  • 3.2 油松种群的遗传结构和遗传分化
  • 3.3 山西天然油松种群的基因流
  • 3.4 山西高原天然油松种群遗传多样性原因分析
  • 3.4.1 油松具有广泛的遗传基础
  • 3.4.2 环境条件有利于遗传多样性的维持和积累
  • 3.4.3 油松的生活史与遗传多样性
  • 3.5 天然油松种群的遗传多样性与保护
  • 3.5.1 油松遗传多样性的恢复与保护
  • 3.5.2 天然油松种群的基因流与保护
  • 3.5.3 遗传多样性保护策略
  • 第五章 油松叶绿体DNA间隔序列特点及在松科系统发育中的应用
  • 1.试验材料
  • 2.试验方法
  • 2.1 基因的克隆和回收
  • 2.1.1 PCR扩增反应
  • 2.1.2 目的DNA片段回收和纯化
  • 2.2 目的片段与T-easy载体的连接
  • 2.3 连接产物的转化
  • 2.3.1 连接产物的转化
  • 2.3.2 平板制作
  • 2.3.3 涂板
  • 2.4 重组子筛选
  • 2.5 质粒的提取和鉴定
  • 2.5.1 重组质粒的提取
  • 2.5.2 重组质粒的鉴定
  • 2.6 测序
  • 2.7 序列分析
  • 3.结果分析
  • 3.1 油松cpDNA基因间隔区序列特征
  • 3.1.1 油松trnT-trnL基因间隔区序列特点
  • 3.1.2 油松trnS-trnG基因间隔区序列特点
  • 3.2 油松及松科植物的trnT-trnL和trnS-trnG序列比较
  • 3.2.1 油松及松科植物的trnT-trnL序列比较
  • 3.2.2 油松及松科植物的trnS-trnG序列比较
  • 3.3 松科属间系统树的构建
  • 3.3.1 基于cpDNA trnT-trnL间隔序列构建的系统树
  • 3.3.2 基于cpDNA trnS-trnG间隔序列构建的系统树
  • 4 讨论
  • 4.1 叶绿体trnT-trnL和trnS-trnG序列在系统发育中的应用
  • 4.2 松科各属间的关系
  • 4.3 松属在松科的系统地位
  • 4.4 进一步的工作
  • 第六章 总结
  • 1.山西天然油松种群的遗传多样性
  • 2.山西油松种群的遗传结构与遗传分化
  • 3.山西油松种群间的基因流
  • 4.山西天然油松种群间的遗传关系
  • 5.油松cpDNA间隔序列特点及在松科系统发育中的应用
  • 参考文献
  • 附表1 5个油松种群RAJPD扩增多态位点显性频率
  • 附表2 由Nei指数估计的油松种群的遗传多样性指数和分化系数
  • 附表3 5个油松种群ISSR扩增多态位点显性频率
  • 附表4 由Nei指数估计的油松种群的遗传多样性指数和分化系数(ISSR)
  • 发表文章目录
  • 致谢
  • 个人简历
  • 相关论文文献

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