利用微卫星DNA分析天府肉羊三个群体和相关品种的遗传结构

论文摘要

本研究采用微卫星DNA遗传标记技术，对天府肉羊三个不同群体——SAU-B、SAU-R和SAU-W，以及成都麻羊、波尔山羊和南江黄羊等6个群体（品种）进行检测。计算等位基因及频率、遗传杂合度、多态信息含量、遗传距离等和进行系统聚类分析，旨在探讨各群体（品种）的遗传多样性和群体遗传结构，结果如下：1．本研究筛选了16个微卫星位点，选择了其中扩增效果较好的11个位点，在6个群体（品种）262个样本中均得到较好的扩增。2．在11个位点上检测到了92个等位基因，平均每个位点检測到的等位基因数为8.36个，最少的为6个（ILSTS008、ILSTS087），最多的为14个（SR-CRSP-8）。有效等位基因数在4.13～7.35之间，表明11个位点在6个山羊群体（品种）中多态性丰富。3．Hardy-Weinberg平衡检验结果表明：6个群体（品种）基本处于遗传不平衡状态，究其原因可能是随机交配体制发生偏移或者人工选择等。4．11个微卫星位点均为高度多态位点，多态信息含量达0.637～0.795，平均0.711，6个群体（品种）具有丰富的遗传多样性。6个群体（品种）平均位点杂合度在0.3425～0.4981，各个群体杂合度较低，纯合度较高。5．聚类分析表明：天府肉羊三个不同群体与成都麻羊、波尔山羊、南江黄羊的群体遗传关系与其育成历史和品种形成基本相符。以两种遗传距离为基础的UPGMA系统聚类和N-J系统聚类中，成都麻羊和南江黄羊单独聚为一类；Nei氏（1983）遗传距离UPGMA和N-J系统聚类中，天府肉羊的三个群体具有较近的遗传距离，其次是波尔山羊；以共祖遗传距离为基础的UPGMA和N-J系统聚类中，SAU-R和SAU-B具有较近的遗传距离，然后BOER与SAU-W依次聚类。

论文目录

• 摘要
• Abstract
• 1 文献综述
• 1.1 微卫星 DNA
• 1.1.1 微卫星DNA的结构及分布
• 1.1.2 微卫星DNA形成的机制
• 1.1.3 微卫星DNA标记的特点
• 1.1.4 微卫星DNA标记的获得
• 1.1.5 微卫星DNA位点的筛选
• 1.1.6 微卫星DNA标记的检测
• 1.2 微卫星标记在动物育种上的应用
• 1.2.1 构建遗传连锁图谱
• 1.2.2 个体及亲缘关系鉴定
• 1.2.3 群体遗传结构与遗传关系的分析
• 1.2.4 监测育种和遗传操作效应
• 1.2.5 标记辅助选择及杂种优势预测
• 2 试验的目的和意义
• 3 材料与方法
• 3.1 试验材料
• 3.1.1 试验样品及保存
• 3.1.2 主要仪器设备
• 3.1.3 引物选择
• 3.1.4 主要试剂
• 3.1.5 主要试剂配制
• 3.2 试验方法
• 3.2.1 基因组DNA的提取
• 3.2.2 PCR扩增
• 3.2.3 PCR产物的检测
• 3.3 统计分析
• 3.3.1 群体等位基因频率
• 3.3.2 多态信息含量（PIC）
• 3.3.3 有效等位基因数（E）
• 3.3.4 群体杂合度（H）
• A）'>3.5.5 群体间遗传距离（D_A）
• 4 试验结果与分析
• 4.1 山羊血液基因组DNA抽提
• 4.2 梯度PCR扩增产物检测
• 4.3 聚丙烯酰胺凝胶电泳图谱
• 4.4 部分微卫星位点等位基因及频率
• 4.5 群体内遗传变异分析
• 4.5.1 各位点观测等位基因数和有效等位基因数
• 4.5.2 稀有等位基因及频率
• 4.5.3 Hardy-Weinberg平衡检验—卡方检验
• 4.5.4 群体杂合度
• 4.5.5 多态信息含量
• 4.6 群体间遗传分析
• 4.6.1 固定指数和群体基因流
• 4.6.2 遗传同一性
• 4.6.3 遗传距离与聚类分析
• 5. 讨论
• 5.1 关于抽样和样本含量
• 5.3 关于基因型判断的问题
• 5.4 遗传标记多态性
• 5.4.1 等位基因
• 5.4.2 杂合度
• 5.4.3 多态信息含量
• 5.5 关于遗传距离的估计与聚类分析
• 5.6 关于群体遗传关系
• 5.6.1 天府肉羊与成都麻羊及波尔山羊之间的关系
• 5.6.2 天府肉羊三个不同群体之间的关系
• 6 结论
• 参考文献
• 致谢
• 已发表文章