鹅ESRα基因SNPs分析及其与产蛋性能关系的研究

鹅ESRα基因SNPs分析及其与产蛋性能关系的研究

论文摘要

雌激素受体(estrogen receptor,ESR or ER)是核受体超家族成员之一,有ESRα、ESRβ和ESRγ三种亚型,它广泛存在于各种动物体内。雌激素通过与ESR结合调节靶组织的功能,能影响雌激素基因在雌性脊椎动物组织的表达与调控,从而对雌性繁殖周期中卵泡的生长发育发挥作用。本研究采用候选基因法,以中国优良中型鹅种皖西白鹅(n=200)作为试验材料,引入的莱茵鹅(n=80)作为对照材料。根据GenBank登录的鸡ESRα基因序列(登录号:NC006090),应用DNAstar和Primer Premier 5.0软件,设计了4对引物对皖西白鹅和莱茵鹅ESRa基因的外显子1和外显子4序列进行克隆测序;采用PCR-SSCP方法检测基因变异,以检测鹅ESRα基因的单核苷酸多态性(single nucleotidepolymorphisms,SNP)位点,并分析ESRα基因多态性与皖西白鹅产蛋性状的相关性。实验结果:克隆出皖西白鹅和莱茵鹅ESRα基因外显子1和外显子4序列(GenBank登录号:EU266072、EU417675)。序列同源性比较分析表明,皖西白鹅ESRα外显子1序列与莱茵鹅和家鸡的同源性分别为99%和95%;外显子4序列与莱茵鹅的完全相同,与家鸡的同源性为96%。系统进化树比较分析结果表明ESRα基因外显子1在进化过程中,硬骨鱼类首先发生分支,哺乳类与禽类存在20bp碱基的差异,不同哺乳动物之间的核苷酸替代在10bp以内;而鸟类之间鹅与鸡的核苷酸序列只有3bp左右的差异。对皖西白鹅和莱茵鹅ESRα基因第1和4外显子进行多态性检测,结果表明,外显子4扩增片段经SSCP检测不存在多态性,外显子1发现有1个SNP位点,即A105G,位于F1b引物的扩增片段上。由一对等位基因A和B构成,形成AA、AB和BB三种基因型。群体遗传分析表明,皖西白鹅F1b引物检测的两个等位基因,频率分别为0.482和0.518;三种基因型(AA、AB和BB)频率分别为0.190、0.585和0.225。经卡方检验,该皖西白鹅群体处于Hardy-Weinbery平衡状态。皖西白鹅在F1b引物检测的多态位点的PIC值为0.3747。与产蛋性状的关联分析表明,在开产蛋重、产蛋量和开产体重上三种基因型之间的差异都不显著,可能与A105G突变是同义突变有关。

论文目录

  • 摘要
  • ABSTRACT
  • 目录
  • 本文中所用缩略词
  • 文献综述
  • 1 雌激素受体研究进展
  • 1.1 ESR的生理功能
  • 1.2 ESR的组织分布
  • 1.3 ESR的结构和功能区
  • 1.4 ESR及其受体的作用机制
  • 2 ESR基因研究进展
  • 2.1 ESR基因的结构
  • 2.2 ESRα基因的突变与变异
  • 2.3 ESRα基因多态性与动物繁殖性能的关系
  • 3 PCR-SSCP技术和SNPs在动物遗传育种中的应用
  • 3.1 PCR-SSCP方法在动物遗传育种中的应用
  • 3.2 SNP的研究进展及在动物遗传育种中的应用前景
  • 引言
  • 1 材料与方法
  • 1.1 试验材料
  • 1.1.1 试验样本
  • 1.1.2 主要仪器设备
  • 1.1.3 药品和酶
  • 1.1.4 常规溶液及试剂配制
  • 1.1.5 菌株和载体
  • 1.2 实验方法
  • 1.2.1 DNA提取
  • 1.2.2 引物设计
  • 1.2.3 PCR条件
  • 1.2.4 琼脂糖凝胶电泳检测
  • 1.2.5 单链构像多态性检测(SSCP)
  • 1.2.6 ESRα基因序列克隆和测序
  • 1.2.7 分析工具软件
  • 1.2.8 数据统计分析方法
  • 2 结果与分析
  • 2.1 鹅ESRα基因外显子1和4克隆与测序
  • 2.1.1 皖西白鹅及莱茵鹅ESRα基因各片段的PCR扩增
  • 2.1.2 皖西白鹅与莱茵鹅ESRα基因外显子1序列测定及同源性比较
  • 2.1.3 皖西白鹅与莱茵鹅ESRα基因外显子4序列测定及同源性比较
  • 2.1.4 鹅与鸡、人、猪、鼠、鱼等物种ESRα基因外显子1和外显子4序列比较分析
  • 2.2 皖西白鹅与莱茵鹅ESRα基因外显子1多态性分析
  • 2.2.1 分段的鹅ESRα基因外显子1序列PCR扩增
  • 2.2.2 鹅ESRα基因外显子1序列SSCP检测结果
  • 2.3 ESRα基因外显子1群体遗传学分析
  • 2.3.1 基因频率和基因型频率
  • 2.3.2 群体遗传特性分析
  • 2.3.3 SNP与鹅产蛋性能的相关性分析
  • 3 讨论
  • 3.1 鹅ESRα基因序列比较
  • 3.2 ESRα基因外显子1的遗传进化分析
  • 3.3 鹅ESRα基因的SSCP检测结果
  • 3.4 ESRα基因群体遗传结构分析
  • 3.5 ESRα基因与部分产蛋性状的关联性分析
  • 4 结论
  • 参考文献
  • 致谢
  • 作者简介
  • 相关论文文献

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