巨飞燕:利用WGCNA进行棉花果枝节间伸长相关基因共表达模块鉴定论文

巨飞燕:利用WGCNA进行棉花果枝节间伸长相关基因共表达模块鉴定论文

本文主要研究内容

作者巨飞燕,张思平,刘绍东,马慧娟,陈静,葛常伟,沈倩,张小萌,刘瑞华,赵新华,张永江,庞朝友(2019)在《利用WGCNA进行棉花果枝节间伸长相关基因共表达模块鉴定》一文中研究指出:【目的】旨在进行棉花果枝节间伸长相关基因的共表达模块鉴定,研究基因整体表达规律,挖掘目标基因及候选基因。【方法】以两个株型结构差异显著的棉花品种(新陆中77和鲁棉研28)的18份不同长度果枝节间样本的转录组数据作为分析对象,通过权重基因共表达网络分析(Weighted gene co-expression network analysis, WGCNA)进行模块的划分,根据模块功能富集分析及基因表达模式进行特异性模块的筛选及枢纽基因的鉴定,利用Cytoscape3.3.0进行加权基因共表达网络图的绘制。【结果】利用34 559个有效基因创建了共表达网络,划分为13个共表达模块,筛选得到Cyan模块为与棉花果枝节间伸长相关的特异性模块,并发现植物激素信号转导通路中的JAZ(Jasmonate-zim-domain protein)基因为该模块的枢纽基因,挖掘到80个潜在的候选基因,并用其构建了基因互作调控网络。【结论】JAZ类基因在抑制棉花果枝节间伸长生长过程中发挥着重要的作用,本研究结果可为棉花果枝节间伸长的调控机理研究提供数据支持,为进一步调控棉花株型结构奠定理论基础。

Abstract

【mu de 】zhi zai jin hang mian hua guo zhi jie jian shen chang xiang guan ji yin de gong biao da mo kuai jian ding ,yan jiu ji yin zheng ti biao da gui lv ,wa jue mu biao ji yin ji hou shua ji yin 。【fang fa 】yi liang ge zhu xing jie gou cha yi xian zhe de mian hua pin chong (xin liu zhong 77he lu mian yan 28)de 18fen bu tong chang du guo zhi jie jian yang ben de zhuai lu zu shu ju zuo wei fen xi dui xiang ,tong guo quan chong ji yin gong biao da wang lao fen xi (Weighted gene co-expression network analysis, WGCNA)jin hang mo kuai de hua fen ,gen ju mo kuai gong neng fu ji fen xi ji ji yin biao da mo shi jin hang te yi xing mo kuai de shai shua ji shu niu ji yin de jian ding ,li yong Cytoscape3.3.0jin hang jia quan ji yin gong biao da wang lao tu de hui zhi 。【jie guo 】li yong 34 559ge you xiao ji yin chuang jian le gong biao da wang lao ,hua fen wei 13ge gong biao da mo kuai ,shai shua de dao Cyanmo kuai wei yu mian hua guo zhi jie jian shen chang xiang guan de te yi xing mo kuai ,bing fa xian zhi wu ji su xin hao zhuai dao tong lu zhong de JAZ(Jasmonate-zim-domain protein)ji yin wei gai mo kuai de shu niu ji yin ,wa jue dao 80ge qian zai de hou shua ji yin ,bing yong ji gou jian le ji yin hu zuo diao kong wang lao 。【jie lun 】JAZlei ji yin zai yi zhi mian hua guo zhi jie jian shen chang sheng chang guo cheng zhong fa hui zhao chong yao de zuo yong ,ben yan jiu jie guo ke wei mian hua guo zhi jie jian shen chang de diao kong ji li yan jiu di gong shu ju zhi chi ,wei jin yi bu diao kong mian hua zhu xing jie gou dian ding li lun ji chu 。

论文参考文献

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  • 论文详细介绍

    论文作者分别是来自棉花学报的巨飞燕,张思平,刘绍东,马慧娟,陈静,葛常伟,沈倩,张小萌,刘瑞华,赵新华,张永江,庞朝友,发表于刊物棉花学报2019年05期论文,是一篇关于加权基因共表达网络分析论文,棉花论文,节间伸长论文,转录组论文,棉花学报2019年05期论文的文章。本文可供学术参考使用,各位学者可以免费参考阅读下载,文章观点不代表本站观点,资料来自棉花学报2019年05期论文网站,若本站收录的文献无意侵犯了您的著作版权,请联系我们删除。

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