本文主要研究内容
作者李小丽（2019）在《油菜非生物胁迫响应基因共表达网络重构》一文中研究指出：2014年,Science杂志上公布了油菜的全基因组图谱,但是,目前对于油菜的基因共表达网络(Gene Co-Expression Network;GCN)研究还较少.而且重构GCN是功能基因组学的研究工具之一.因此,研究油菜的GCN具有重要意义.我们课题组在和生命科学研究者合作研究甘蓝型油菜胁迫响应的分子机制过程中,通过实验设计和转录组测序,获得了 75704个基因的转录组数据.本文利用聚类分析,基因表达谱,GO富集分析,挑选了422个最有可能与油菜的非生物胁迫和激素刺激响应有关的基因.然后总结了网络重构方法,构造油菜基因的GCN,及利用拟南芥同源基因调控网络进行比对分析.本文主要有以下几方面发现:首先,对经常用的GCN重构的统计学方法进行了总结,同时探讨了不同方法的优缺点,对网络重构研究具有重要意义.其次,利用分段格兰杰因果分析法重构油菜基因的GCN.在422个基因间探测到546对共表达关系.然后,利用拟南芥同源基因在胁迫响应中的功能,推断油菜基因的GCN中的BnaC03g49940D在盐碱胁迫响应过程中有重要作用,BnaC08g13860D在盐碱和冷胁迫响应过程中有重要作用,BnaC03g48290D在干旱胁迫和激素刺激响应过程中有重要作用,及BnaC06g42900D在冷胁迫响应过程中有重要作用.根据生物网络的功能,推断和这四个油菜基因有共表达边的基因有类似功能,且本文构建的油菜基因的GCN在油菜的非生物胁迫和激素刺激响应过程中有重要作用.最后,根据拟南芥同源基因调控网络,比对得到的油菜基因的GCN,发现这两个网络没有重叠的边,说明了有共表达关系的基因之间不一定有调控作用,同样的,基因之间有相互调控关系的不一定就有共表达关系.该研究进一步加深了对甘蓝型油菜抗逆性基因的GCN的理解,为培育具有抗逆性的新品种提供了一定的参考。
Abstract
2014nian ,Scienceza zhi shang gong bu le you cai de quan ji yin zu tu pu ,dan shi ,mu qian dui yu you cai de ji yin gong biao da wang lao (Gene Co-Expression Network;GCN)yan jiu hai jiao shao .er ju chong gou GCNshi gong neng ji yin zu xue de yan jiu gong ju zhi yi .yin ci ,yan jiu you cai de GCNju you chong yao yi yi .wo men ke ti zu zai he sheng ming ke xue yan jiu zhe ge zuo yan jiu gan lan xing you cai xie pai xiang ying de fen zi ji zhi guo cheng zhong ,tong guo shi yan she ji he zhuai lu zu ce xu ,huo de le 75704ge ji yin de zhuai lu zu shu ju .ben wen li yong ju lei fen xi ,ji yin biao da pu ,GOfu ji fen xi ,tiao shua le 422ge zui you ke neng yu you cai de fei sheng wu xie pai he ji su ci ji xiang ying you guan de ji yin .ran hou zong jie le wang lao chong gou fang fa ,gou zao you cai ji yin de GCN,ji li yong ni na gai tong yuan ji yin diao kong wang lao jin hang bi dui fen xi .ben wen zhu yao you yi xia ji fang mian fa xian :shou xian ,dui jing chang yong de GCNchong gou de tong ji xue fang fa jin hang le zong jie ,tong shi tan tao le bu tong fang fa de you que dian ,dui wang lao chong gou yan jiu ju you chong yao yi yi .ji ci ,li yong fen duan ge lan jie yin guo fen xi fa chong gou you cai ji yin de GCN.zai 422ge ji yin jian tan ce dao 546dui gong biao da guan ji .ran hou ,li yong ni na gai tong yuan ji yin zai xie pai xiang ying zhong de gong neng ,tui duan you cai ji yin de GCNzhong de BnaC03g49940Dzai yan jian xie pai xiang ying guo cheng zhong you chong yao zuo yong ,BnaC08g13860Dzai yan jian he leng xie pai xiang ying guo cheng zhong you chong yao zuo yong ,BnaC03g48290Dzai gan han xie pai he ji su ci ji xiang ying guo cheng zhong you chong yao zuo yong ,ji BnaC06g42900Dzai leng xie pai xiang ying guo cheng zhong you chong yao zuo yong .gen ju sheng wu wang lao de gong neng ,tui duan he zhe si ge you cai ji yin you gong biao da bian de ji yin you lei shi gong neng ,ju ben wen gou jian de you cai ji yin de GCNzai you cai de fei sheng wu xie pai he ji su ci ji xiang ying guo cheng zhong you chong yao zuo yong .zui hou ,gen ju ni na gai tong yuan ji yin diao kong wang lao ,bi dui de dao de you cai ji yin de GCN,fa xian zhe liang ge wang lao mei you chong die de bian ,shui ming le you gong biao da guan ji de ji yin zhi jian bu yi ding you diao kong zuo yong ,tong yang de ,ji yin zhi jian you xiang hu diao kong guan ji de bu yi ding jiu you gong biao da guan ji .gai yan jiu jin yi bu jia shen le dui gan lan xing you cai kang ni xing ji yin de GCNde li jie ,wei pei yo ju you kang ni xing de xin pin chong di gong le yi ding de can kao 。
论文参考文献
论文详细介绍
论文作者分别是来自河南大学的李小丽，发表于刊物河南大学2019-09-20论文，是一篇关于网络重构论文,生物网络论文,分段格兰杰因果分析论文,油菜论文,非生物胁迫论文,河南大学2019-09-20论文的文章。本文可供学术参考使用，各位学者可以免费参考阅读下载，文章观点不代表本站观点，资料来自河南大学2019-09-20论文网站，若本站收录的文献无意侵犯了您的著作版权，请联系我们删除。
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