目的 研究从中国部分城市分离的沙眼衣原体临床株的基因型,通过测序及进化树分析Omp1基因的多态性,掌握中国Ct感染的流行病学特征,为Ct疫苗的研制及Ct感染的防治提供实验依据。 方法 从不同城市收集可疑的临床标本,用McCOY细胞培养,Ct阳性标本用于研究。按文献设计特异性引物,巢式PCR扩增MOMP约980bp的基因片段(包括四个变异区),用内切酶Alu Ⅰ、Msp Ⅰ、EcoR Ⅰ、Dde Ⅰ酶切相应PCR产物,用3%琼脂糖凝胶及18%聚丙烯酰胺凝胶电泳分离。同时从GENEBANK中获得Ct各参考株的Omp1基因序列,用DNA star软件分析目的片段的酶切位点,得到各参考株上述四种内切酶的酶切图谱。根据各参考株与临床株的酶切图谱,将临床株分型。随机选择部分临床株PCR产物双向测序,用Mega3软件构建进化树分析临床株与各参考株之间的亲缘关系。 结果 细胞培养301份阳性标本,PCR扩增出286份,其中湖南衡阳48例、上海32例、广州52例、广东江门154例。RFLP分型检测,共检出10个基因型,分别为E(30.8%)、J(23.8%)、D(17.5%)、F(10.5%)、G(6.2%)、H(3.5%)、K(2.8%)、Ba(2.1%)、Da(1.4%)和I(1.4%)型,并且不同城市间基因型的分布没有明显区别(P>0.05)。 对其中86份标本测序,BLAST及进化树分析发现,测序分型结果与RFLP结果完全吻合,且发现28种基因变体,其中E、F型Omp1基因高度保守,而其它基
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