基于粪便DNA提取技术的黑龙江省地区野生狍遗传多样性研究

论文摘要

狍为我国重要的经济动物。目前,由于栖息地的破坏及乱捕滥猎,野生狍种群的数量及其分布范围已明显减少。因此,深入了解目前狍各地理单元种群的分子变异,可以为我们制定保护策略提供重要的依据。本文以粪便为研究材料对32个不同狍个体（来自3个不同地区）的线粒体DNA控制区的部分序列进行了测定和群体分析,并对高质量粪便DNA样品的保存方法进行了初步探讨。结果表明:（1）本次分析的32份狍样品的mtDNA D-loop的长度为460bp,并且有50个变异位点;单倍型多样性（h）平均值为0.988,核苷酸多样性（p）平均值为0.022 60,总体遗传多样性较高。（2）32条序列中共发现27种单倍型。（3）三个地理单元的狍种群中,大兴安岭地区的狍种群具有较高的碱基差异数、最高的核苷酸多样性和最高的核苷酸差异平均数。（4）来源于不同地区的个体在系统进化树中呈镶嵌分布。（5）对于来源于相同个体的粪便样品,从采用冷冻保存法保存的粪便样品中所提取的DNA提取的质量明显优于采用酒精浸泡法和干燥保存方法保存的粪便样品。此方法采集和保存简单,实验省时、经济,可应用于寒冷地区冬季有蹄类各种动物的粪便取样。根据上述结果,建议:（1）大兴安岭地区狍种群的遗传多样性较高,从保护物种基因多态性的角度,应将此种群列为最优先保护的单元。（2）小兴安岭北坡和完达山的狍种群遗传多样性比大兴安岭地区狍种群遗传多样性低,建议紧接着大兴安岭种群的保护顺序予以保护。

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摘要

Abstract

1 绪论

1.1 狍的研究概况

1.2 粪便DNA分析技术的应用

1.3 遗传多样性研究方法

1.4 本研究的内容和意义

4.1.1 研究的内容

1.4.2 研究的意义

1.5 本章小结

2 材料与方法

2.1 样品的采集和保存

2.1.1 采集地点

2.1.2 材料

2.1.3 方法

2.2 DNA提取

2.2.1 材料

2.2.2 试剂

2.2.3 溶液

2.2.4 仪器和设备

2.2.5 方法

2.3 PCR扩增

2.3.1 PCR引物的选择

2.3.2 PCR条件的优化

2.4 PCR产物检测

2.5 数据分析

2.6 本章小结

3 结果与分析

3.1 从冷冻保存的样品中提取DNA

3.2 DNA序列及其差异

3.3 群体遗传结构

3.4 系统进化树

3.5 本章小结

4 讨论

4.1 样品质量对DNA提取的影响

4.1.1 动物的取食

4.1.2 环境的温度

4.1.3 样品的保存

4.2 狍mtDNA控制区的多态性

4.3 狍群体遗传多样性

4.4 狍各地理单元间的基因交流

4.5 狍种群进化显著单元和管理单元分析

4.6 本章小结

结论

参考文献

附录 A D-loop 控制区测序图谱

附录 B D-loop 控制区序列

攻读学位期间发表的学术论文

致谢

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