CRF07BC重组毒株是我国HIV主要流行毒株之一,该毒株传播和流行迅速,急需了解其流行株基因组特点和病毒生物学特征。本研究选择其主要流行地区——四川和新疆,进行代表株的基因组特征及地区间毒株传播关系的研究,同时,构建CRF07BC感染性克隆并用于病毒生物学研究。与早期分离毒株比较,新获得的10条CRF07BC毒株基因组发生了显著的变异,变异程度最高的是env和nef基因;编码基因的氨基酸序列分析同时表明,存在一些CRF07BC毒株特异性的突变特征或保守氨基酸基序。毒株进化关系分析发现两组与起源相关的早期CRF07BC毒株:四川、乌鲁木齐早期毒株和云南、广西早期毒株,前者与四川——新疆传播路线关系密切。不论早期还是近期毒株,甘肃、四川和新疆流行毒株间有明显的传播关系。在CRF07BC重组毒株中发现亚型特异性突变——Gag P6蛋白7个氨基酸的缺失突变,缺失毒株起源于非缺失毒株,并可能有多个不同的毒株起源,该缺失型毒株在人群中有较高的流行率,可能为传播优势毒株。P6蛋白三维构象分析提示该突变将影响蛋白功能,进而可能影响毒株适应性和宿主疾病进程。LTR功能和全长克隆策略对感染性克隆构建至关重要,pNL4-3的LTR能成功用于拯救CRF07BC毒株前病毒基因组。三个pNL4-3-07BC的嵌合克隆表现出较弱的体外细胞感染能力,特殊的基因突变影响克隆病毒感染能力:Gp41突变增强克隆病毒的复制能力,Vpr突变则导致另一克隆病毒的复制能力更弱。本研究填补了当前国内CRF07BC毒株全长基因组和感染性克隆研究的空白,发现了一些重要的突变特征或保守基序,并阐明了早期毒株的传播和进化关系。另外,简单、高效的前病毒拯救策略将为病毒生物学研究提供有力的工具。较弱的感染能力限制了新构建感染性克隆的广泛应用,这也提示全长克隆构建策略还需要进一步的提高和优化。
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