作者杨双浩（2019）在《利用网格计算加速基因大数据分析的方法实现》一文中研究指出：为解决基因测序数据量大、数据分析时间长,搭建FPGA、GPU计算平台成本高昂且计算软件兼容不足的问题,运用分布式计算思想设计高通量测序数据分析架构Sequence Grid(SeqGrid)。该架构安装centos开源操作系统,利用网格引擎Sun Grid Engine(SGE)、普通CPU、机械硬盘和SSD硬盘,通过并发调度生物信息软件bwa、GATK等实现数据分析。结果表明:单人全外显子组30 GB数据分析时间从15 h缩短至1 h,计算速度达到串行流程的15倍,有效提高了数据分析效率。
wei jie jue ji yin ce xu shu ju liang da 、shu ju fen xi shi jian chang ,da jian FPGA、GPUji suan ping tai cheng ben gao ang ju ji suan ruan jian jian rong bu zu de wen ti ,yun yong fen bu shi ji suan sai xiang she ji gao tong liang ce xu shu ju fen xi jia gou Sequence Grid(SeqGrid)。gai jia gou an zhuang centoskai yuan cao zuo ji tong ,li yong wang ge yin qing Sun Grid Engine(SGE)、pu tong CPU、ji xie ying pan he SSDying pan ,tong guo bing fa diao du sheng wu xin xi ruan jian bwa、GATKdeng shi xian shu ju fen xi 。jie guo biao ming :chan ren quan wai xian zi zu 30 GBshu ju fen xi shi jian cong 15 hsu duan zhi 1 h,ji suan su du da dao chuan hang liu cheng de 15bei ,you xiao di gao le shu ju fen xi xiao lv 。
论文作者分别是来自计算机与现代化的杨双浩，发表于刊物计算机与现代化2019年08期论文，是一篇关于网格计算论文,高性能计算集群论文,生物信息论文,高通量测序论文,计算机与现代化2019年08期论文的文章。本文可供学术参考使用，各位学者可以免费参考阅读下载，文章观点不代表本站观点，资料来自计算机与现代化2019年08期论文网站，若本站收录的文献无意侵犯了您的著作版权，请联系我们删除。
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