本研究选择了线粒体DNA中的细胞色素b基因全序列,对贵州周边地区6个山羊品种72个个体细胞色素b基因进行PCR扩增、测序、分析,我们得到如下结论:1.贵州周边地区六个山羊品种72个个体mtDNA Cyt b基因全序列长度均为1140bp,都是以起始密码子ATG开始,中间没有插入/缺失,以终止密码子AGA结束。A+T平均含量58.7%,G+C平均含量为41.3%。2.贵州周边地区六个山羊品种72个个体mtDNA Cyt b基因单倍型有18种,共产生了30个多态位点,其中两碱基的单一多态位点17个,两碱基间变异的简约信息位点为13个;在30个碱基替换位点上,观察到74次非同义突变,66次发生在密码子的第一位,2次发生在密码子的第二位,6次在密码子的第一位和第二位都发生了突变。3.六个山羊品种单倍型多样度为0.505-0.808,核苷酸多样度为0.025%～0.246%,均处在中等偏上的水平,表明中国山羊品种遗传多样性丰富。4.根据mtDNA Cyt b基因18种单倍型的系统发育分析,观察到三个支系,即支系A、支系B和支系C,出现的频率分别为:支系A93.06%（67/72）、支系B5.55%（4/72）和支系C1.39%（1/72）,表明六个山羊品种（群体）中绝大部分个体起源于1个母系即支系A。5.通过六个山羊品种线粒体DNA细胞色素b基因的系统起源分析,表明六个山羊品种均起源于西南亚的胃石山羊（Capra aegagrus）。6.本研究发现不同品种间的的亲缘关系与品种地城分布有密切的联系,地理间隔越近亲缘关系就越近,反之则越远。
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